PDB-4d3x: The structure of mature legumain from chinese hamster.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d3x

タイトル

The structure of mature legumain from chinese hamster.

要素

LEGUMAIN

キーワード

HYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / receptor catabolic process / self proteolysis / response to acidic pH / dendritic spine organization / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Li, W. / Heinz, D.W. / Krausze, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Detailed Look Into Chinese Hamster Legumain Active Site Structure and Exploration of its Function
著者: Li, W. / Damme, M. / Buessow, K. / Grimm, I. / Van Den Heuvel, J. / Heinz, D.W. / Krausze, J.

履歴

登録	2014年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d3x.cif.gz	122.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d3x.ent.gz	95.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d3x_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d3x_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	4d3x_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4d3x_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/4d3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d3yC 4d3zC 4awaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e2a-1 4y7t-d 5e1b-1 5qtx-d 6d3x-2 6ey7-3 4eyz-1 4gkx-3 2pbl-3 4gkx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LEGUMAIN

ヘテロ分子

32.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.620, 43.620, 209.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質

LEGUMAIN

分子量: 32198.957 Da / 分子数: 1 / 断片: ASPARAGINYL ENDOPEPTIDASE DOMAIN, RESIDUES 31-314 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然)

CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
細胞株: LEC3.8.2.1 / 器官: OVARY / 参照: UniProt: G3I1H5, legumain

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M NACL, 23%(W/V) PEG 3350, 0.1 M MOPS PH 6.5; THEN 10%(V/V) GLYCEROL WERE ADDED FOR CRYO-PROTECTION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.84402
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.84402 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38 Å / Num. obs: 33931 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 19.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AWA

4awa

解像度: 1.848→37.776 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	1687	5 %
R_work	0.1737	-	-
obs	0.1767	33928	88.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→37.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2093	0	28	146	2267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2200
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	2987
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.773	794
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8484-1.9028	0.3249	36	0.2933	681	X-RAY DIFFRACTION	22
1.9028-1.9642	0.3412	96	0.2504	1867	X-RAY DIFFRACTION	63
1.9642-2.0344	0.3257	135	0.2366	2574	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0344-2.1158	0.3298	153	0.234	2929	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1158-2.2121	0.23	162	0.2126	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2121-2.3287	0.2947	154	0.1878	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.4746	0.2702	156	0.2009	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4746-2.6656	0.2205	162	0.1858	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6656-2.9338	0.2633	159	0.1892	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9338-3.3581	0.2201	160	0.1728	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3581-4.2299	0.173	158	0.1285	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2299-37.7839	0.1805	156	0.1296	3025	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.475	-0.0619	0.0522	0.5213	-0.2219	0.6641	0.0578	0.0401	0.0553	-0.0403	0.0053	0.0381	-0.0472	-0.0593	-0.0118	0.137	0.0613	0.0327	0.0953	0.081	0.1052	-52.0446	23.4954	-19.2768
2	0.0874	0.1439	-0.2049	0.5441	-0.457	0.7504	0.0237	0.038	0.0368	-0.0187	-0.0191	-0.0317	-0.0455	-0.0209	-0.0472	0.2417	0.1289	0.1123	0.2199	0.1216	0.2154	-51.9711	35.6923	-26.5749
3	1.0322	-0.0906	-0.2435	0.6611	-0.3064	0.6508	0.0357	-0.0115	0.0489	-0.0468	-0.0265	-0.0405	-0.0433	-0.0534	-0.0019	0.1533	0.1091	0.0628	0.2583	0.1134	0.1782	-55.2451	27.9897	-23.366
4	1.1862	0.2415	0.3207	1.0344	0.0695	0.6289	0.0058	-0.0107	-0.0029	-0.0201	0.0684	0.1544	0.0035	-0.1976	-0.0457	0.1023	0.0257	0.0137	0.374	0.1723	0.2189	-66.6376	20.2251	-10.6261
5	1.3615	-0.2283	0.8774	0.5186	-0.6238	1.4265	0.0571	-0.0017	-0.0803	-0.0592	0.0329	0.1721	0.0586	-0.1643	-0.103	0.204	-0.1045	-0.1136	0.3449	0.1456	0.3192	-63.4655	13.4092	-15.2364
6	0.603	-0.2351	-0.0688	1.5676	0.4053	0.9835	0.0045	-0.0743	0.0766	0.153	0.067	0.1227	-0.2414	-0.1891	-0.0016	0.1922	0.0735	0.036	0.0931	0.0334	0.1116	-55.4062	28.4801	-8.605
7	0.8011	0.2752	-0.3574	0.5523	-0.6044	1.2131	0.0973	-0.1538	-0.0003	0.1837	0.0272	0.1521	-0.1788	-0.1713	-0.027	0.1076	-0.0341	-0.0016	0.1813	0.0904	0.1285	-54.4229	20.4531	-1.3188
8	0.3759	0.1788	-0.1023	1.383	-0.1192	0.5397	0.063	0.0608	0.1674	-0.0316	-0.0299	-0.0049	-0.2727	0.1071	-0.1381	0.2322	-0.0736	0.0164	0.2106	0.1588	0.2774	-41.8731	33.7168	-16.0013
9	1.0497	0.15	-0.3129	0.573	0.2798	0.6529	-0.0157	0.018	0.0248	-0.0186	-0.0126	-0.1106	-0.0408	0.1572	-0.0381	0.0928	-0.0408	-0.0196	0.3099	0.1661	0.2299	-35.8557	18.1899	-9.5609
10	0.3158	-0.2025	0.2298	0.8011	-0.5956	1.3522	-0.0206	-0.0397	0.009	-0.0018	-0.104	-0.1165	-0.0226	0.1486	-0.0371	0.1036	-0.0284	-0.051	0.1486	0.1202	0.1963	-42.6846	16.9136	-6.3511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 75 THROUGH 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 95 THROUGH 114 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 115 THROUGH 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 145 THROUGH 164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 219 THROUGH 248 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 249 THROUGH 266 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'A' AND (RESID 267 THROUGH 292 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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