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- PDB-4d3c: Crystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d3c
タイトルCrystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68.
要素
  • (SFN68 FAB) x 2
  • HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / skeletal muscle cell proliferation / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / immunoglobulin complex / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / chemoattractant activity / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / platelet alpha granule lumen / liver development / epithelial cell proliferation / cell chemotaxis / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / : ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / : / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Kang, Y.J. / Kim, K.L. / Cho, H.S. / Chung, J.H.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A mechanistic basis for converting a receptor tyrosine kinase agonist to an antagonist.
著者: Kang, Y.J. / Kim, K.L. / Cho, H.S. / Chung, J.H.
履歴
登録2014年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
H: SFN68 FAB
L: SFN68 FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4483
ポリマ－68,4483
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-29.6 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.703, 297.692, 70.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 HEPATOCYTE GROWTH FACTOR / HEPATOPOIETIN-A / SCATTER FACTOR / SF / NK1


分子量: 22242.359 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 23-210 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P14210
#2: 抗体 SFN68 FAB


分子量: 23230.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RABBIT/HUMAN CHIMERIC ANTIBODY / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
#3: 抗体 SFN68 FAB


分子量: 22974.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RABBIT/HUMAN CHIMERIC ANTIBODY / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 参照: UniProt: U3KM01*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / タイプ: PAL/PLS / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→29.79 Å / Num. obs: 25541 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1JPT, 1NK1.

1jpt

1nk1


解像度: 2.62→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.56 / SU ML: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.328 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29758 1347 5 %
Rwork0.2676 --
obs0.26913 25541 95.51 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 85.704 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 0 22 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024329
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.955882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8353.0049161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4924.36172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56315691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6111517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.618→2.686 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 92 -
Rwork0.396 1586 -
obs--82.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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