PDB-4d2o: Crystal structure of the class A extended-spectrum beta-lactamase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d2o

タイトル

Crystal structure of the class A extended-spectrum beta-lactamase PER- 2

要素

PER-2 BETA-LACTAMASE

キーワード

HYDROLASE / OXYIMINO-CEPHALOSPORINASE / ESBL / CEFOTAXIMASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Power, P. / Herman, R. / Ruggiero, M. / Kerff, F. / Galleni, M. / Gutkind, G. / Charlier, P. / Sauvage, E.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Extended-Spectrum Beta-Lactamase Per- 2 and Insights Into the Role of Specific Residues in the Interaction with Beta-Lactams and Beta-Lactamase Inhibitors.
著者: Ruggiero, M. / Sauvage, E. / Herman, R. / Galleni, M. / Gutkind, G. / Charlier, P. / Power, P.

履歴

登録	2014年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2014年5月21日	ID: 3ZNW
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d2o.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d2o.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e25S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dgu-1 5h08-d 1q6s-2 1e25-d 2zmi-d 4xt9-d 6xjk-d 3s3k-1 1pag-2 6l03-d 6d3g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PER-2 BETA-LACTAMASE

B: PER-2 BETA-LACTAMASE

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PER-2 BETA-LACTAMASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PER-2 BETA-LACTAMASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.480, 83.880, 68.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PER-2 BETA-LACTAMASE / CLASS A BETA-LACTAMASE 分子量: 30956.328 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-308 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A2RP81, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.3 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M HEPES, 1.5 M SODIUM CITRATE BUFFER (PH 7.5).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→41.94 Å / Num. obs: 23354 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E25

1e25

解像度: 2.2→33.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 13.878 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23969	1199	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19442	-	-	-
obs	0.19676	22125	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4255	0	0	152	4407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.955	5830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.34	5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.435	26.243	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.185	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.793	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	88	-
R_work	0.267	1574	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9787	-0.275	0.4646	0.6975	-0.4601	0.9712	-0.0115	-0.0365	0.034	0.1161	-0.0135	-0.1161	-0.0174	0.035	0.025	0.1178	0.0014	0.0099	0.1454	-0.0177	0.0441	13.012	-17.412	41.102
2	0.6162	-0.2821	0.5294	0.8893	0.3882	2.259	0.0102	0.0517	0.0508	-0.0633	-0.065	-0.0663	-0.1075	0.0126	0.0548	0.0899	0.006	0.0347	0.1382	0.0123	0.0838	7.153	-4.842	21.26
3	2.5569	0.9182	-2.0107	2.5433	-3.001	4.2747	0.0029	0.0998	-0.0141	0.0904	-0.0824	-0.1687	-0.0523	0.0882	0.0795	0.1152	-0.0001	-0.0619	0.1344	-0.0027	0.12	20.079	-4.486	31.433
4	0.22	-0.2586	0.1657	0.8792	-0.2053	0.5359	-0.0303	0.0017	0.0024	0.0191	0.0131	0.0498	-0.022	-0.0403	0.0172	0.082	-0.0035	0.0358	0.1628	0.0051	0.0774	7.453	-17.007	33.701
5	5.8438	1.1321	-1.6061	1.4738	-0.7219	1.3464	0.0104	0.1313	0.1015	-0.0983	0.0108	-0.0413	0.0794	0.0326	-0.0213	0.0834	0.0067	0.0172	0.1373	0.0079	0.0724	15.722	-22.24	35.187
6	6.3824	2.5426	-3.759	1.855	-2.1626	4.0415	-0.0821	-0.0501	-0.2498	-0.1218	0.0182	-0.0949	0.2861	-0.0726	0.0639	0.1412	0.0159	-0.0202	0.1352	0.0082	0.0765	11.447	-32.36	40.093
7	0.3437	0.1173	0.1644	0.4495	-0.12	1.4911	0.0134	0.001	0.003	-0.136	-0.0213	0.033	-0.0313	-0.0691	0.0079	0.098	0.001	-0.0039	0.1421	-0.0189	0.0762	-9.956	-22.489	-0.809
8	2.3824	0.3666	0.4286	2.4514	-0.6712	1.9356	0.1	0.0521	-0.1445	-0.0805	-0.0707	-0.1601	-0.0487	0.1413	-0.0293	0.1003	-0.0065	0.0241	0.1447	-0.0028	0.0487	9.973	-31.784	16.24
9	2.4018	-0.1527	0.1546	1.6687	-0.1846	1.9117	0.0561	0.0799	-0.0609	-0.1104	0.0134	-0.0586	0.1735	-0.0201	-0.0696	0.1127	0.0041	-0.0188	0.1101	-0.0296	0.0404	-2.832	-33.174	0.81
10	0.9979	0.1509	-0.0112	1.319	-0.746	0.9742	-0.0221	-0.0107	-0.0696	0.0672	-0.0151	-0.0087	-0.0745	-0.0761	0.0373	0.0823	0.0105	0.0164	0.1538	-0.0264	0.0711	-4.277	-19.955	9.184
11	1.9605	0.2414	-1.5714	0.6911	0.2052	3.0227	-0.0693	-0.0798	0.0149	-0.0674	0.0216	0.0877	0.0817	0.0753	0.0477	0.0907	0.0243	0.0067	0.1118	-0.0024	0.0985	-7.892	-16.009	1.542
12	13.0252	-1.2389	-4.1377	1.0298	0.1052	1.9605	-0.0677	0.2522	0.3375	0.0429	0.0891	0.0332	-0.0992	-0.2245	-0.0214	0.1719	0.0415	-0.0241	0.1412	0.0133	0.0464	-13.492	-9.429	1.853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	90 - 156
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	157 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	175 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	240 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 297
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	26 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	88 - 137
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	138 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	196 - 251
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	252 - 272
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	273 - 297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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