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万見
- PDB-4cxj: BTB domain of KEAP1 C151W mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cxj
タイトルBTB domain of KEAP1 C151W mutant
要素KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / midbody / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / regulation of autophagy / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. ...Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of the Btb Domain of Keap1 and its Interaction with the Triterpenoid Antagonist Cddo.
著者: Cleasby, A. / Yon, J. / Day, P.J. / Richardson, C. / Tickle, I.J. / Williams, P.A. / Callahan, J.F. / Carr, R. / Concha, N. / Kerns, J.K. / Qi, H. / Sweitzer, T. / Ward, P. / Davies, T.G.
履歴
登録2014年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3771
ポリマ－15,3771
非ポリマー00
水81145
1
A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1

A: KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7532
ポリマ－30,7532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area4000 Å2
ΔGint-33.9 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.874, 42.874, 267.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2042-

HOH

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要素

#1: タンパク質 KELCH-LIKE ECH-ASSOCIATED PROTEIN 1 / CYTOSOLIC INHIBITOR OF NRF2 / INRF2 / KELCH-LIKE PROTEIN 19 / KEAP1


分子量: 15376.718 Da / 分子数: 1 / 断片: BTB DOMAIN, RESIDUES 48-180 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.61 Å / Num. obs: 4153 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 72.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.8→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9278 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.418 / 詳細: U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 225 5.42 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2147 4153 99.47 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.0779 Å20 Å20 Å2
2---8.0779 Å20 Å2
3---16.1558 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.457 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1027 0 0 45 1072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081052HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.961423HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d371SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes154HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1052HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion138SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1202SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.13 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3436 64 5.65 %
Rwork0.2379 1069 -
all0.2434 1133 -
obs--99.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.442 Å / Origin y: -10.0977 Å / Origin z: -15.2194 Å
111213212223313233
T0.0628 Å20.1061 Å20.0237 Å2--0.2683 Å2-0.0113 Å2---0.1703 Å2
L1.8848 °2-0.9913 °20.0202 °2-3.6593 °21.0755 °2--4.8839 °2
S-0.1657 Å °-0.014 Å °0.0435 Å °0.4426 Å °0.0343 Å °0.3018 Å °-0.5427 Å °-0.0178 Å °0.1314 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND RESI 49 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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