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- PDB-6ffm: Crystal Structure of Human KEAP1 BTB Domain in Complex with isoxa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ffm
タイトルCrystal Structure of Human KEAP1 BTB Domain in Complex with isoxazoline-based inhibitor
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / 3-bromo-4 5-dihydroisoxazole / BTB domain / antioxidant response
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / regulation of autophagy / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D8N / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Moniot, S. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: ChemistryOpen / 年: 2018
タイトル: Effects of 3-Bromo-4,5-dihydroisoxazole Derivatives on Nrf2 Activation and Heme Oxygenase-1 Expression.
著者: Pinto, A. / El Ali, Z. / Moniot, S. / Tamborini, L. / Steegborn, C. / Foresti, R. / De Micheli, C.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4112
ポリマ－15,2071
非ポリマー2041
水32418
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子

A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8224
ポリマ－30,4132
非ポリマー4082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area4070 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.491, 42.491, 265.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 15206.571 Da / 分子数: 1 / 変異: S172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET19mod
詳細 (発現宿主): N-term His-tag cleavable with TEV protease
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-D8N / ~{N}-[4-[(5~{R})-4,5-dihydro-1,2-oxazol-5-yl]phenyl]ethanamide


分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25-28 % PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 and 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91814 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91814 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.202 Å / Num. obs: 7968 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 50.25 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1492 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 752 / CC1/2: 0.33 / Rrim(I) all: 3.161 / % possible all: 99.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4cxi

4cxi


解像度: 2.2→44.202 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2929 793 9.98 %
Rwork0.2525 --
obs0.2568 7948 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.202 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 15 18 1053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3981478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.583664
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.33780.44411270.40631148X-RAY DIFFRACTION99
2.3378-2.51830.37591250.37261136X-RAY DIFFRACTION98
2.5183-2.77170.35731280.33551159X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-3.17270.35591310.28891178X-RAY DIFFRACTION99
3.1727-3.99690.2971340.23371204X-RAY DIFFRACTION99
3.9969-44.21110.23941480.20681330X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.841-3.09040.02146.05950.20212.42751.05960.67480.3873-0.5398-0.6391-0.66580.18960.4715-0.19150.58820.0781-0.06160.63110.00030.578918.7508-16.609-27.7593
22.7298-1.48011.56581.8474-0.09942.57390.0083-0.2215-0.21560.4932-0.16370.46970.15170.06320.12760.51830.10670.06630.3855-0.07490.577-0.3245-13.0957-15.7097
30.28720.06030.34210.01130.0710.4056-0.0186-0.9723-0.6905-0.3516-0.33470.6521.7871-0.43910.11672.09840.1277-0.27240.90790.08061.2551-2.2405-26.8647-15.1197
45.9449-1.6046-0.45373.40361.55844.8844-0.4686-0.50990.98540.2590.33110.1073-1.2095-0.37550.06590.77440.1956-0.02750.48810.00210.52633.6584-4.1604-13.2552
55.38693.03570.56276.08891.62684.4629-0.0205-0.14550.0829-0.8055-0.0041-0.2281-0.25760.45030.04760.88680.0516-0.06450.4355-0.03140.505612.056-1.0122-4.5131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 111 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 112 through 120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 121 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 180 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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