[日本語] English
万見
- PDB-4cs5: Crystal Structure of PCNA from Litopenaeus vannamei -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cs5
タイトルCrystal Structure of PCNA from Litopenaeus vannamei
要素PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
キーワードNUCLEAR PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / translesion synthesis / mismatch repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種LITOPENAEUS VANNAMEI (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Carrasco-Miranda, J.S. / Lopez-Zavala, A.A. / De-La-Mora, E. / Rudino-Pinera, E. / Brieba, L.G. / Sotelo-Mundo, R.R.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Shrimp Proliferating Cell Nuclear Antigen: Structural Complementarity with Wssv DNA Polymerase Pip-Box.
著者: Carrasco-Miranda, J.S. / Lopez-Zavala, A.A. / Arvizu-Flores, A.A. / Garcia-Orozco, K.D. / Stojanoff, V. / Rudino-Pinera, E. / Brieba, L.G. / Sotelo-Mundo, R.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Studies of Crustacean Proliferating Cell Nuclear Antigen.
著者: Carrasco-Miranda, J.S. / Cardona-Felix, C.S. / Lopez-Zavala, A.A. / De-La-Re-Vega, E. / De La Mora, E. / Rudino-Pinera, E. / Sotelo-Mundo, R.R. / Brieba, L.G.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
B: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN
C: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5203
ポリマ－86,5203
非ポリマー00
水00
1
A: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8401
ポリマ－28,8401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8401
ポリマ－28,8401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8401
ポリマ－28,8401
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.570, 83.380, 74.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:254 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:254 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
311CHAIN C AND (RESSEQ 1:254 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)

-
要素

#1: タンパク質 PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN


分子量: 28840.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LITOPENAEUS VANNAMEI (甲殻類) / プラスミド: PJ404 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): SI / 参照: UniProt: G1E6N7
配列の詳細THE AMINOACID SEQUENCE OF THE PDB FILE LACK THE LAST 6 C- TERMINAL RESIDUES COMPARED TO THE ...THE AMINOACID SEQUENCE OF THE PDB FILE LACK THE LAST 6 C- TERMINAL RESIDUES COMPARED TO THE SEQUENCE REPORTED IN UNIPROT. THIS IS BECAUSE THERE IS NO ELECTRONIC DENSITY TO INCLUDE THAT RESIDUES IN THE MODEL.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 300 MM CACL2, 100 MM SODIUM HEPES PH 7.5 AND 30%(V/V) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 14802 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.96 % / Biso Wilson estimate: 55.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL OF LVPCNA BASED ON PDB ENTRY 1VYM

1vym


解像度: 3→28.058 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3108 736 5 %
Rwork0.2648 --
obs0.2672 14782 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.628 Å2 / ksol: 0.275 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.7877 Å20 Å2-8.267 Å2
2---24.6962 Å20 Å2
3---44.0041 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5877 0 0 0 5877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4898049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1462241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.116941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061035
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1953X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1953X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
13C1948X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0002-3.23150.41181390.37082893X-RAY DIFFRACTION97
3.2315-3.55610.34641440.29292827X-RAY DIFFRACTION95
3.5561-4.06940.40931360.32112668X-RAY DIFFRACTION90
4.0694-5.12190.26851450.22112825X-RAY DIFFRACTION94
5.1219-28.05880.24131720.21442833X-RAY DIFFRACTION93

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る