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- PDB-4crv: Complex of human CNOT9 and CNOT1 including two tryptophans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4crv
タイトルComplex of human CNOT9 and CNOT1 including two tryptophans
要素
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
  • CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG
キーワードGENE REGULATION / TNRC6 BINDING / MIRISC / MRNA SILENCING / MRNA DEADENYLATION / ARGONAUTE / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / sex differentiation ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / sex differentiation / Deadenylation of mRNA / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / nuclear retinoic acid receptor binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / peroxisomal membrane / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nuclear receptor coactivator activity / nuclear estrogen receptor binding / P-body / kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 ...CCR4-NOT transcription complex subunit 9 / Cell differentiation family, Rcd1-like / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Boland, A. / Chen, Y. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2014
タイトル: A Ddx6-Cnot1 Complex and W-Binding Pockets in Cnot9 Reveal Direct Links between Mirna Target Recognition and Silencing
著者: Chen, Y. / Boland, A. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Bawankar, P. / Loh, B. / Chang, C.T. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2014年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
B: CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5434
ポリマ－60,2472
非ポリマー2962
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.070, 66.810, 71.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CNOT1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1


分子量: 29174.605 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT1 CN9BD DOMAIN, DUF3819, RESIDUES 1356-1607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 CELL DIFFERENTIATION PROTEIN RCD1 HOMOLOG / CNOT9 / CAF40 HOMOLOGG / RCD-1 / CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 9 / RCD-1


分子量: 31072.189 Da / 分子数: 1 / 断片: CNOT9 ARM DOMAIN, RESIDUES 19-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q92600
#3: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES ...THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN A. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG OF CHAIN B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.1M MES (PH=6.0), 11% PEG6000, 0.05M MG-CHLORIDE, 0.04M L-TRYPTOPHAN

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月19日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→61.1 Å / Num. obs: 45149 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.79 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CRU

4cru


解像度: 2.05→61.138 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUES 1353, 1399, 1478, 1586, 1587. CHAIN B, RESIDUES 15, 17, 169. THE FOLLOWING ...詳細: TLS PARAMETERS WERE REFINED. SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUES 1353, 1399, 1478, 1586, 1587. CHAIN B, RESIDUES 15, 17, 169. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 1350 TO 1352, 1588 TO 1602, 1604 TO 1607. CHAIN B, RESIDUES 13, 14.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 2254 5 %
Rwork0.176 --
obs0.178 45057 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→61.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4009 0 21 148 4178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8835565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4911552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.09460.31961440.30072621X-RAY DIFFRACTION98
2.0946-2.14330.31441370.26762663X-RAY DIFFRACTION99
2.1433-2.19690.31221370.23962610X-RAY DIFFRACTION99
2.1969-2.25630.25541430.22482650X-RAY DIFFRACTION99
2.2563-2.32270.29061370.21452669X-RAY DIFFRACTION99
2.3227-2.39770.24051430.20062659X-RAY DIFFRACTION99
2.3977-2.48340.25181350.1852681X-RAY DIFFRACTION99
2.4834-2.58280.21791430.18222636X-RAY DIFFRACTION99
2.5828-2.70040.20371390.18312670X-RAY DIFFRACTION100
2.7004-2.84270.25541420.18862657X-RAY DIFFRACTION100
2.8427-3.02080.22931450.19452699X-RAY DIFFRACTION100
3.0208-3.25410.26541400.2042682X-RAY DIFFRACTION100
3.2541-3.58150.24061420.18312692X-RAY DIFFRACTION100
3.5815-4.09970.20161390.16492719X-RAY DIFFRACTION100
4.0997-5.16470.16541450.14462719X-RAY DIFFRACTION100
5.1647-61.16510.18131430.15182776X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.83810.2372-0.84170.69760.16440.7841-0.22010.4222-1.13980.36570.1655-0.71190.68360.58260.01170.8730.0932-0.18710.7269-0.00491.011946.3118-13.517935.8989
22.07310.42390.91021.20230.15031.80130.0781-0.25830.13210.26390.0059-0.24730.22190.18460.01620.47530.0107-0.03030.42220.00160.462630.5297-0.688635.6749
30.58730.51380.01520.68690.15180.9490.06850.0755-1.33130.4447-0.0740.42740.5989-0.22220.0620.7292-0.12250.07110.62230.02540.671311.8888-10.170533.3038
40.78851.18660.49812.01841.04120.6811-0.0368-0.08110.10290.0785-0.0977-0.1024-0.10560.09450.00421.45010.10490.14781.02320.19751.256239.070529.870913.6925
51.871-0.1573-0.0341.3030.28421.6496-0.10260.2767-0.1461-0.0130.01620.14460.2345-0.226500.3784-0.03810.00530.3996-0.05920.405816.6149-3.961818.3725
61.46570.8964-0.75512.1405-1.26541.9174-0.0150.28080.2402-0.22730.0664-0.0891-0.157-0.03300.533-0.02980.03080.46240.0370.443130.272717.90874.3176
70.2488-0.07510.41390.08470.03761.1132-0.0856-0.02130.02310.1894-0.0006-0.0071-0.0243-0.0761-0.00141.0442-0.0938-0.10650.9025-0.02190.725635.877416.94718.0878
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1353 THROUGH 1386 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 1387 THROUGH 1552 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 1553 THROUGH 1587 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 1603 THROUGH 1603 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 15 THROUGH 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 150 THROUGH 285)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1286 THROUGH 1286)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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