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- PDB-4cqx: H5 (tyTy) Del133/Ile155Thr Mutant Haemagglutinin in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cqx
タイトルH5 (tyTy) Del133/Ile155Thr Mutant Haemagglutinin in Complex with Human Receptor Analogue 6'SLN
要素(HAEMAGGLUTININ ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / AVIAN FLU / SIALYLLACTOSAMINE / 3SLN / 3'SLN / 6SLN / 6'SLN / LSTA
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / PHOSPHATE ION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. ...Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / McCauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2014
タイトル: Enhanced Human Receptor Binding by H5 Haemagglutinins.
著者: Xiong, X. / Xiao, H. / Martin, S.R. / Coombs, P.J. / Liu, J. / Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Walker, P.A. / Lin, Y.P. / Mccauley, J.W. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2014年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAEMAGGLUTININ HA1
B: HAEMAGGLUTININ HA2
C: HAEMAGGLUTININ HA1
D: HAEMAGGLUTININ HA2
E: HAEMAGGLUTININ HA1
F: HAEMAGGLUTININ HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,90023
ポリマ－168,4106
非ポリマー4,49017
水13,673759
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33360 Å2
ΔGint-138.6 kcal/mol
Surface area59420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.824, 117.104, 101.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPSERSERAA1 - 3193 - 321
21ASPASPSERSERCC1 - 3193 - 321
12ASPASPPROPROAA-1 - 3201 - 322
22ASPASPPROPROEE-1 - 3201 - 322
13ASPASPSERSERCC1 - 3193 - 321
23ASPASPSERSEREE1 - 3193 - 321
14GLYGLYSERSERBB1 - 1631 - 163
24GLYGLYSERSERDD1 - 1631 - 163
15GLYGLYSERSERBB1 - 1631 - 163
25GLYGLYSERSERFF1 - 1631 - 163
16GLYGLYSERSERDD1 - 1631 - 163
26GLYGLYSERSERFF1 - 1631 - 163

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.060531, -0.688437, 0.722766), (0.672498, -0.50696, -0.539202), (0.73762, 0.518697, 0.432285)14.42784, -34.81182, -11.39155
3given(1), (1), (1)
4given(0.061151, 0.679079, 0.731514), (-0.694529, -0.497413, 0.519818), (0.716862, -0.539845, 0.441222)31.20719, -1.47556, -23.97836
5given(1), (1), (1)
6given(0.065515, -0.69162, 0.719284), (0.681462, -0.495546, -0.538557), (0.728915, 0.525448, 0.438847)14.14377, -34.9505, -11.29386
7given(1), (1), (1)
8given(0.053624, -0.689651, 0.722154), (0.679106, -0.505011, -0.532709), (0.732079, 0.518985, 0.441265)14.46511, -35.05186, -11.42554
9given(1), (1), (1)
10given(0.062468, 0.683925, 0.726873), (-0.697632, -0.4909, 0.521849), (0.713728, -0.539689, 0.446462)31.15927, -1.41531, -24.0191
11given(1), (1), (1)
12given(0.051861, -0.691548, 0.720467), (0.679717, -0.504099, -0.532793), (0.731638, 0.517345, 0.443914)14.54265, -35.03026, -11.40481

-
要素

-
HAEMAGGLUTININ ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 37010.672 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/TURKEY/TURKEY/1/2005(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
Variant: DEL133/ILE155THR MUTANT / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q207Z6
#2: タンパク質 HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 19126.004 Da / 分子数: 3
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/TURKEY/TURKEY/1/2005(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
Variant: DEL133/ILE155THR MUTANT / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q207Z6

-
糖 , 2種, 12分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 764分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MULTIBASIC SITE REMOVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化詳細: BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.05 - 0.15 M K/NAPO4 (PH 7.0), 15-18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→87.73 Å / Num. obs: 90479 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0046精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BGZ

4bgz


解像度: 2.3→101.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 15.315 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22612 4539 5 %RANDOM
Rwork0.18569 ---
obs0.1877 85916 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.219 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å20 Å2-2.06 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→101.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11562 0 289 759 12610
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01912144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.96316496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6883.00325503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96851447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3325.099606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.247152000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5941556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7782.2615806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7782.2615805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.353.3877247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3612.5476338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4954loose positional0.345
2A4992loose positional0.375
3C4953loose positional0.345
4B2485loose positional0.415
5B2491loose positional0.415
6D2461loose positional0.415
1A4954loose thermal3.1510
2A4992loose thermal3.0210
3C4953loose thermal2.2110
4B2485loose thermal3.6310
5B2491loose thermal3.7810
6D2461loose thermal3.0410
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 350 -
Rwork0.322 6341 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0635-0.09222.15460.72150.42983.61620.2480.1782-0.0243-0.1052-0.00010.06260.39690.2388-0.24780.2948-0.0143-0.05050.1234-0.03180.080225.6423-26.6172-18.6289
21.810.320.8681.92290.71312.84660.14270.3262-0.12240.24510.0011-0.3350.22730.3517-0.14380.18380.0509-0.04030.1659-0.05950.172569.427-20.188526.3782
38.381.70074.7810.41011.0652.9917-0.0940.58330.0912-0.10190.0660.0418-0.08320.49450.0280.37920.11930.02040.4051-0.0820.064751.7668-22.57091.9406
45.3530.09378.17212.09591.257314.61150.1295-0.4736-0.22470.00970.13720.07180.0519-0.5358-0.26660.13470.03120.02240.1863-0.0120.131727.8476-25.7033-11.3804
53.0387-1.5365-1.58913.05192.55287.92810.01690.3596-0.0447-0.0268-0.0678-0.05740.4078-0.30540.05090.2718-0.0417-0.07060.102-0.00130.030118.1317-22.4732-32.8769
65.0040.48157.67894.39153.291624.3115-0.36850.19750.441-0.0056-0.0709-0.1511-0.27960.4660.43940.1533-0.02130.01890.12620.03450.197430.1982-12.3603-18.685
74.94040.09551.20661.0497-0.284212.78380.21390.3103-0.35160.08180.12840.0641-0.08120.4649-0.34230.20240.01710.02030.0583-0.04460.088943.6061-18.451318.1959
81.77750.06153.19050.5135-0.08748.2554-0.198-0.00480.3219-0.1395-0.09810.0915-0.1715-0.37880.29610.27120.0199-0.07040.15880.02450.096517.222-15.2697-25.7195
91.1424-0.39051.46840.4416-0.86552.978-0.0121-0.1106-0.02510.13780.12540.16030.0547-0.52-0.11330.3226-0.03940.07410.22470.05710.133118.8359-21.35126.5843
101.7020.1380.50942.57380.53011.82950.1928-0.0744-0.0020.1723-0.0504-0.3682-0.0746-0.0426-0.14240.4481-0.0515-0.01350.04560.04330.091946.0031-26.230550.8974
112.5674-1.17731.92472.1997-2.163.68990.1370.0319-0.2920.13930.11190.20190.1409-0.3338-0.24890.3479-0.04520.09350.28510.0810.124119.4851-24.504926.9431
125.11670.21626.17031.1942-1.04249.3254-0.0422-0.00440.1874-0.22190.09510.09270.2176-0.2286-0.05290.2596-0.04230.10050.42320.12710.241310.3264-16.31367.8227
136.7013-0.84592.27692.0325-0.97227.11630.4747-0.2834-0.0978-0.33770.07910.67710.9198-2.3528-0.55380.3172-0.309-0.16750.92710.16080.3371-6.2892-18.9518-13.2333
1417.25580.846511.24552.958-0.996111.36680.549-0.6841-0.7104-0.110.03010.17251.4954-0.5526-0.5790.5093-0.12110.00740.22950.06960.2388.8466-25.7805-4.188
157.17491.38067.49320.77491.13298.1486-0.08580.0006-0.03950.08290.12650.1347-0.0762-0.2251-0.04060.2591-0.02470.05720.26120.00930.183321.0153-14.04286.949
161.12422.07562.4417.49932.11299.17630.46990.0279-0.3098-1.0250.81630.85191.6847-1.9315-1.28621.2744-0.5203-0.8231.53710.14710.758-9.0142-24.0465-28.5894
171.34260.71062.29420.76751.04724.3963-0.19330.07740.1928-0.08150.0550.0936-0.34520.05080.13840.34770.0069-0.03470.03540.04610.119533.326111.09477.6506
180.7017-0.33760.46770.6353-0.19561.037-0.07810.0242-0.01810.1774-0.02760.01980.0396-0.03970.10580.38310.0131-0.020.0393-0.04050.073346.70758.03537.0165
191.6159-0.26410.22161.2838-0.20082.1858-0.0885-0.1084-0.04010.2956-0.0267-0.12450.11060.09520.11520.43130.0222-0.0570.0176-0.00230.083553.89355.706144.6694
201.87580.75062.78941.10371.35436.5331-0.05550.02220.0596-0.1220.05470.0422-0.1465-0.01940.00080.2812-0.0419-0.01480.0270.03310.048831.40528.7015.1937
214.84790.59313.84592.5221-0.07887.2493-0.496-0.03220.7873-0.26850.05550.4887-0.9859-0.55850.44050.37440.0442-0.12330.10630.07760.29618.68414.8307-17.0061
2210.1909-2.94858.55463.6574-1.5028.3236-0.44390.00380.0667-0.03550.26550.0716-0.61370.22650.17840.3108-0.03190.03430.09840.01310.120340.9709-5.997717.3838
236.414-0.76316.24161.0714-0.69298.12570.196-0.0268-0.0806-0.2774-0.01430.2550.2376-0.3587-0.18170.2787-0.0499-0.06940.13380.06740.165414.3861-4.5905-13.3047
246.5512-2.65782.50059.6016.70678.6706-0.9888-0.04480.7111-1.1361-0.74252.2989-1.3203-1.39051.73130.96940.1873-1.08531.46680.54481.8205-8.29073.8792-29.3697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3A255 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4A305 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6B38 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8B83 - 166
9X-RAY DIFFRACTION9C-1 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10C104 - 256
11X-RAY DIFFRACTION11C257 - 299
12X-RAY DIFFRACTION12C300 - 320
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 31
14X-RAY DIFFRACTION14D32 - 61
15X-RAY DIFFRACTION15D62 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16D125 - 166
17X-RAY DIFFRACTION17E-1 - 84
18X-RAY DIFFRACTION18E85 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19E123 - 266
20X-RAY DIFFRACTION20E267 - 320
21X-RAY DIFFRACTION21F1 - 57
22X-RAY DIFFRACTION22F58 - 83
23X-RAY DIFFRACTION23F84 - 136
24X-RAY DIFFRACTION24F137 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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