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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cpi | ||||||
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タイトル | streptavidin A86D mutant with love-hate ligand 4 | ||||||
![]() | STREPTAVIDIN | ||||||
![]() | BIOTIN BINDING PROTEIN / AVIDIN / BIOTIN / STRAIN / BIOTINYLATED / STERIC CLASH / STRAINED / HINDERED / FORCE / LIGAND SERIES / AFFINITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Love-Hate Ligands for High Resolution Analysis of Strain in Ultra-Stable Protein/Small Molecule Interaction. 著者: Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 177.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13325.346 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 37-163 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET21 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-LH4 / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL METHIONINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM ...詳細: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM CALCIUM CHLORIDE. SITTING DROP. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.54→39.45 Å / Num. obs: 84164 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3RY1 解像度: 1.54→39.45 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.95 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC ...詳細: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC HEADGROUP BECAUSE OF WEAK ELECTRON DENSITY
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.54→39.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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