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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cpi | ||||||
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Title | streptavidin A86D mutant with love-hate ligand 4 | ||||||
![]() | STREPTAVIDIN | ||||||
![]() | BIOTIN BINDING PROTEIN / AVIDIN / BIOTIN / STRAIN / BIOTINYLATED / STERIC CLASH / STRAINED / HINDERED / FORCE / LIGAND SERIES / AFFINITY | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Love-Hate Ligands for High Resolution Analysis of Strain in Ultra-Stable Protein/Small Molecule Interaction. Authors: Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4cpeC ![]() 4cpfC ![]() 4cphC ![]() 3ry1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 13325.346 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: RESIDUES 37-163 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-LH4 / #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | N-TERMINAL METHIONINE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM ...Details: CONDITION A9 OF THE MORPHEUS SCREEN: 0.1 M BICINE/TRIZMA BASE PH 8.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20,000, 20% V/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 550, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE AND 30 MM CALCIUM CHLORIDE. SITTING DROP. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.54→39.45 Å / Num. obs: 84164 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.54→1.6 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3RY1 Resolution: 1.54→39.45 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.95 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC ...Details: RESIDUES 46-48 ARE MODELLED STEREOCHEMICALLY DUE TO POOR DENSITY IN CHAINS A AND D. 46-48 ARE OMITTED FROM CHAINS B AND C. LH4 B1000 AND C1000 REPRESENT LH4 SHOWN WITHOUT THE AROMATIC HEADGROUP BECAUSE OF WEAK ELECTRON DENSITY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.54→39.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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