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万見
- PDB-4ckv: Crystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Zn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ckv
タイトルCrystal structure of VEGFR-1 domain 2 in presence of Zn
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
キーワードRECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding ...vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding / monocyte chemotaxis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / : / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / actin cytoskeleton / cell migration / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell differentiation / receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set ...Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.055 Å
データ登録者Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. ...Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. / Inguimbert, N. / Bouaziz, S. / Vidal, M. / Broutin, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Biophysical Studies of the Induced Dimerization of Human Vegf R Receptor 1 Binding Domain by Divalent Metals Competing with Vegf-A
著者: Gaucher, J.-F. / Reille-Seroussi, M. / Gagey-Eilstein, N. / Broussy, S. / Coric, P. / Seijo, B. / Lascombe, M.-B. / Gautier, B. / Liu, W.-Q. / Huguenot, F. / Inguimbert, N. / Bouaziz, S. / Vidal, M. / Broutin, I.
履歴
登録2014年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 2.02019年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _atom_site.occupancy / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1196
ポリマ－10,8061
非ポリマー3145
水1,45981
1
X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子

X: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,23812
ポリマ－21,6112
非ポリマー62710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2190 Å2
ΔGint-54.8 kcal/mol
Surface area11230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.730, 102.390, 27.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1226-

ZN

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要素

#1: タンパク質 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEIN KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN ...VEGFR-1 / FMS-LIKE TYROSINE KINASE 1 / FLT-1 / TYROSINE-PROTEIN KINASE FRT / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR FLT / FLT / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR RECEPTOR


分子量: 10805.559 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN-2, RESIDUES 132-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS / 参照: UniProt: P17948, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD, MOTHER LIQUOR:1MM VEGFR-1-D2,0.1%(W/V) DDM,4MM LAXAPHYCINE-A,5MM HEPES/NAOH PH 7.5. RESERVOIR:18% (W/V) PEG8000,100MM HEPES/NAOH PH 7.5, 18C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月17日
詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR BENT TO APPROXIMATE TO A TOROIDAL CURVATURE
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED CHANNEL-CUT SILICON MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.86 Å / Num. obs: 8564 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLT

1flt


解像度: 2.055→47.865 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 731 4.8 %
Rwork0.1628 --
obs0.165 8562 93.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.055→47.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数759 0 17 81 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007835
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0911131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.741323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0554-2.21410.26211320.18432562X-RAY DIFFRACTION82
2.2141-2.43690.20861480.17392979X-RAY DIFFRACTION97
2.4369-2.78940.24491540.17093026X-RAY DIFFRACTION97
2.7894-3.51430.19091400.15192989X-RAY DIFFRACTION97
3.5143-47.8780.18881570.15932977X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2139-0.048-0.01250.05350.02780.02080.1318-0.27990.18370.33130.3110.1254-0.27210.14280.03780.24320.06690.03630.2228-0.010.1548-17.0395-28.615712.0867
20.20670.0243-0.03260.1097-0.01090.0941-0.4786-0.17830.22550.28480.086-0.0276-0.09920.3652-0.01130.2867-0.0301-0.04190.322-0.02940.1954-6.8743-29.594810.5401
30.0840.03460.08590.01680.02960.37470.03710.3083-0.21240.27040.2945-0.40490.61170.59460.00180.27710.019-0.01280.2235-0.08270.4089-7.5716-45.41410.317
40.26630.20480.25890.39070.30250.29660.05360.10920.18660.18080.0022-0.00080.0299-0.16050.01540.16880.04060.01260.13720.02640.1526-18.9071-31.89333.9696
50.30640.11690.16670.7947-0.16560.15120.20640.11550.0731-0.2497-0.31180.21380.18240.4225-0.02040.1679-0.0136-0.01070.30950.01860.1551-12.5936-32.2397-7.443
60.0676-0.00660.2526-0.00110.00970.89910.04350.2118-0.26550.06120.0747-0.10590.5402-0.70510.04460.2343-0.00660.02780.1582-0.02980.1748-20.9227-38.2803-0.5648
70.5647-0.4235-0.00223.1161-1.41251.80530.01570.2161-0.4413-0.4090.4880.2255-0.23610.50540.87290.1483-0.0549-0.06660.2537-0.18840.1578-12.9329-42.1695-5.0924
80.02690.0070.03690.02120.00560.0337-0.19940.1783-0.1307-0.26850.465-0.0578-0.1251-0.161800.2109-0.0688-0.0090.3476-0.05120.2261-5.8522-36.0209-3.5873
90.011-0.035-0.00250.09730.09590.1077-0.00780.06920.1734-0.02360.098-0.1601-0.1281-0.0660.01010.20570.00550.01350.13930.00530.1814-15.7956-21.91035.4366
100.07840.0527-0.13090.0776-0.01650.2058-0.1271-0.0865-0.4251-0.2887-0.25220.0640.13550.5447-0.00660.20910.0780.01080.3024-0.06570.2926-4.1341-37.88442.8738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN X AND RESID 132:137)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN X AND RESID 138:144)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN X AND RESID 145:153)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN X AND RESID 154:170)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN X AND RESID 171:182)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN X AND RESID 183:190)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN X AND RESID 191:199)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN X AND RESID 200:205)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN X AND RESID 206:218)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN X AND RESID 219:224)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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