PDB-4ckl: Structure of 55 kDa N-terminal domain of E. coli DNA gyrase A sub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ckl

タイトル

Structure of 55 kDa N-terminal domain of E. coli DNA gyrase A subunit with simocyclinone D8 bound

要素

DNA GYRASE SUBUNIT A

キーワード

ISOMERASE / TOPOISOMERASE / ANTIBIOTIC TARGET

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Hearnshaw, S.J. / Edwards, M.J. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Maxwell, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: A New Crystal Structure of the Bifunctional Antibiotic Simocyclinone D8 Bound to DNA Gyrase Gives Fresh Insight Into the Mechanism of Inhibition.
著者: Hearnshaw, S.J. / Edwards, M.J. / Stevenson, C.E. / Lawson, D.M. / Maxwell, A.

履歴

登録	2014年1月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.3	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ckl.cif.gz	360.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ckl.ent.gz	294.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ckl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ckl_validation.pdf.gz	675.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ckl_full_validation.pdf.gz	688.7 KB	表示
XML形式データ	4ckl_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	4ckl_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/4ckl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ckkSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zv6-d 3sds-d 6vsh-d 4fil-d 4kvg-d 4qdd-1 3gl0-d 4qdf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (8) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA GYRASE SUBUNIT A

B: DNA GYRASE SUBUNIT A

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA GYRASE SUBUNIT A

ヘテロ分子

A: DNA GYRASE SUBUNIT A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA GYRASE SUBUNIT A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.820, 96.050, 112.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2024- HOH

#1: タンパク質	DNA GYRASE SUBUNIT A 分子量: 55381.398 Da / 分子数: 2 / 断片: 55 KDA N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 30-522 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: JMTACA / プラスミド: PRJR10.18 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B843 / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: P0AES5, UniProt: A0A0H3JH39*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物	ChemComp-SM8 / SIMOCYCLINONE D8 分子量: 932.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₆H₄₂ClNO₁₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→41.51 Å / Num. obs: 77820 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CKK

4ckk

解像度: 2.05→41.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.133 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22481	3914	5 %	RANDOM
R_work	0.1959	-	-	-
obs	0.19736	73905	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	0.24 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6784	0	66	284	7134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	6991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.978	9495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.045	3	15370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.601	5	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.698	23.738	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.998	15	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.071	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.277	1.955	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.276	1.954	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.893	2.922	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.094	2.254	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	272	-
R_work	0.256	5358	-
obs	-	-	97.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3702	1.2285	-1.1079	1.4322	-0.3466	1.9499	0.011	-0.0111	0.0698	0.0317	-0.0156	0.0432	-0.0535	0.1144	0.0046	0.0422	0.0193	0.0073	0.0727	-0.0039	0.0076	29.1722	-42.5485	-29.4781
2	3.9763	2.7965	-0.4958	3.8429	-0.9056	2.0132	0.5388	-0.6091	0.9468	0.5508	-0.3815	0.8215	-0.6538	0.0611	-0.1573	0.3488	-0.0567	0.2067	0.1566	-0.1668	0.3092	16.3412	-31.7584	-12.9075
3	9.0046	5.185	0.9695	3.8635	0.1993	1.8489	0.7062	-0.906	1.0427	0.9919	-0.525	0.5874	-0.8185	0.5544	-0.1812	0.8835	-0.3103	0.2785	0.4431	-0.235	0.4929	29.8908	-16.4429	-10.6208
4	2.9408	-0.6633	-0.4733	9.2712	0.9392	1.215	0.0413	0.2679	0.4744	-0.4091	-0.0159	0.408	-0.2233	-0.2079	-0.0254	0.0822	0.027	0.0138	0.0701	0.0377	0.1341	9.9458	-45.5755	-26.5361
5	3.7527	-1.6396	-2.0433	2.9201	2.1732	3.2317	-0.173	-0.0675	-0.2488	0.1115	0.0665	0.0722	0.222	0.0936	0.1065	0.0644	-0.0282	-0.0072	0.0661	-0.0266	0.1157	25.6894	-84.9633	-40.4733
6	9.7951	2.2919	-4.5245	10.2914	3.2992	9.8985	-0.0549	0.1293	-0.4856	0.3312	-0.2825	0.5737	0.5236	-0.153	0.3374	0.1219	-0.0265	0.005	0.2286	-0.0614	0.2466	13.0595	-81.3214	-38.2252
7	4.4989	-2.0533	-2.0641	1.7744	1.2099	1.2755	-0.175	-0.423	-0.0512	0.1287	0.1087	0.0115	0.1455	0.2217	0.0663	0.1084	0.0079	-0.0004	0.0748	-0.0054	0.1409	27.0987	-81.4231	-33.9378
8	3.3	4.3915	-0.1062	7.1738	0.9159	1.8953	0.2532	-0.3291	-0.0536	0.2507	-0.2516	0.0221	-0.2146	0.0336	-0.0015	0.0998	0.0032	0.0324	0.1405	0.0075	0.0499	15.0237	-54.204	-15.1577
9	1.721	0.2025	0.7684	0.5251	-1.194	4.2227	0.0246	0.0483	-0.045	0.0394	0.0659	0.0923	-0.1088	-0.044	-0.0905	0.0079	0.0041	-0.0037	0.0437	0.0088	0.0931	8.0906	-64.435	8.1702
10	2.9392	-0.7171	4.1048	1.3593	-1.2124	6.0189	-0.1398	0.4536	0.0991	-0.0014	0.1271	-0.1771	-0.3247	0.5765	0.0127	0.0774	-0.0206	0.082	0.1461	-0.0185	0.1273	18.4327	-60.1508	4.1967
11	8.066	-2.8331	3.0148	3.0035	-1.4644	1.2242	0.1919	0.1123	-0.2761	-0.0137	-0.0721	0.0946	0.1022	0.0217	-0.1198	0.1228	-0.0407	-0.0324	0.0747	0.0223	0.0615	4.748	-72.9427	16.4088
12	2.0311	0.8968	0.2824	3.5897	-0.8591	2.528	-0.121	0.1697	0.3409	-0.023	-0.012	-0.0822	-0.4745	0.2655	0.133	0.1253	-0.0425	-0.0659	0.1319	-0.0186	0.1518	29.0061	-48.5697	18.9172
13	1.3297	1.3186	0.3478	7.6978	0.7476	1.6005	0.1634	-0.3985	-0.0515	0.3899	-0.0832	0.4925	0.0405	-0.1611	-0.0802	0.0934	-0.0155	-0.045	0.1458	0.0268	0.1127	13.4635	-69.2722	29.1447
14	4.315	4.6884	3.4579	5.737	4.0356	2.9797	0.3224	-0.2315	-0.3754	0.6283	-0.1908	0.0651	0.5697	-0.2561	-0.1316	0.6199	-0.1197	0.0506	0.2465	0.0725	0.5032	2.5136	-105.5643	16.5933
15	2.2602	-5.5285	-1.2395	13.6072	3.0537	0.6905	-0.6983	-0.4406	0.2763	1.0383	1.0937	-0.7519	0.263	0.3251	-0.3954	0.623	-0.0509	0.1623	1.0091	0.011	0.6647	9.7541	-102.536	10.3209
16	3.1567	2.7395	-0.692	5.9819	-1.8923	2.034	0.1064	-0.2453	-0.5092	0.1334	-0.028	-0.275	0.3206	0.1951	-0.0784	0.1139	0.0526	-0.0922	0.1329	-0.0073	0.2096	25.2199	-76.1805	24.2204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	179 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	275 - 332
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	333 - 368
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	369 - 423
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	424 - 444
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	445 - 487
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	488 - 521
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	33 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	91 - 132
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	133 - 161
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	162 - 332
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	333 - 369
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	370 - 455
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	456 - 487
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	488 - 522

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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