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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ci8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the tandem atypical beta-propeller domain of EML1 | ||||||
要素 | ECHINODERM MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEIN-LIKE 1 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / EML1 / EML4-ALK / HSP90 INHIBITORS / TUBULIN-BINDING / BETA PROPELLER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic spindle midzone / microtubule associated complex / mitotic spindle pole / neuroblast proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / tubulin binding / mitotic spindle organization / brain development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule binding ...mitotic spindle midzone / microtubule associated complex / mitotic spindle pole / neuroblast proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / tubulin binding / mitotic spindle organization / brain development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule binding / microtubule / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Richards, M.W. / Bayliss, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Crystal Structure of Eml1 Reveals the Basis for Hsp90 Dependence of Oncogenic Eml4-Alk by Disruption of an Atypical Beta-Propeller Domain. 著者: Richards, M.W. / Law, E.W.P. / Rennalls, L.P. / Busacca, S. / O'Regan, L. / Fry, A.M. / Fennell, D.A. / Bayliss, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ci8.cif.gz | 262.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ci8.ent.gz | 209.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ci8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ci8_validation.pdf.gz | 467.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ci8_full_validation.pdf.gz | 495.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ci8_validation.xml.gz | 49.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ci8_validation.cif.gz | 68.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4ci8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4ci8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72688.656 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 167-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC-FSSP / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O00423 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 100 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 200 MM POTASSIUM/SODIUM TARTRATE, 2 MM DTT. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→47.4 Å / Num. obs: 53683 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.6→47.375 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: RESIDUES 176-815 ARE ORDERED. THE PROTEIN CRYSTALLISED WAS SELENOMETHIONINE DERIVATIVE BUT SINCE SELENOMETHIONINE OCCUPANCY WAS PARTIAL ALL METHIONINE RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED AS MET RATHER THAN MSE.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.676 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.375 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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