PDB-4cbh: Pestivirus NS3 helicase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbh

タイトル

Pestivirus NS3 helicase

要素

SERINE PROTEASE NS3

キーワード

HYDROLASE / SF2 HELICASES / FLAVIVIRIDAE NS3 / SAXS

機能・相同性

機能・相同性情報

pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity / ribonuclease T2 activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell surface / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 / Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: X-Ray Structure of the Pestivirus Ns3 Helicase and its Conformation in Solution.
著者: Tortorici, M.A. / Duquerroy, S. / Kwok, J. / Vonrhein, C. / Perez, J. / Lamp, B. / Bricogne, G. / Rumenapf, T. / Vachette, P. / Rey, F.A.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Refinement description
改定 1.4	2018年6月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbh.cif.gz	583.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbh.ent.gz	478.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cbh_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cbh_full_validation.pdf.gz	501.8 KB	表示
XML形式データ	4cbh_validation.xml.gz	58.1 KB	表示
CIF形式データ	4cbh_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cbgSC 4cbiC 4cblC 4cbmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uip-d 3eey-3 2fmx-d 1f6b-d 3eey-5 6hc7-1 5css-2 3eey-4 5ujf-2 2ehd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: SERINE PROTEASE NS3

B: SERINE PROTEASE NS3

C: SERINE PROTEASE NS3

D: SERINE PROTEASE NS3

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SERINE PROTEASE NS3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.070, 144.440, 118.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.8159, -0.5781, -0.008363), (-0.578, -0.8154, -0.03218), (0.01179, 0.03109, -0.9994)	16, 49.25, 54.59
3	given	(-0.9998, -0.004143, 0.01775), (0.005176, -0.9983, 0.05858), (0.01747, 0.05866, 0.9981)	29.15, 42.24, -1.335
4	given	(-0.7941, 0.6078, -0.003618), (0.6076, 0.7937, -0.02796), (-0.01412, -0.0244, -0.9996)	13.34, -3.866, 56.72

#1: タンパク質	SERINE PROTEASE NS3 / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 分子量: 58023.031 Da / 分子数: 4 / 断片: HELICASE DOMAIN, 1782-2280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS (豚コレラウイルス) 株: ALFORT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P19712, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 768 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HISTAG N-TERMINAL PLUS TEV CLEAVAGE SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.04 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.1 M NA-CACODYLATE, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 12% PEG 8000, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→44.34 Å / Num. obs: 71319 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 63.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.51→2.58 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 49.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.13.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CBG

4cbg

解像度: 2.51→72.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9197 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU R Cruickshank DPI: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU R_free Blow DPI: 0.248 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.248

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	3572	5.01 %	RANDOM
R_work	0.2034	-	-	-
obs	0.2048	71319	88.63 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7644 Å²	0 Å²	-0.367 Å²
2-	-	2.287 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5227 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.338 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→72.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11023	0	0	768	11791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11239	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.28	15196	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4015	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		295	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1598	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11239	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.56
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.19
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1482	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		2	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13421	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2759	118	5.26 %
R_work	0.2432	2125	-
all	0.245	2243	-
obs	-	-	88.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6191	-0.1274	-0.272	1.8936	-0.5837	3.152	0.0655	-0.518	-0.1921	0.2673	0.1203	0.1752	-0.2652	-0.2927	-0.1858	-0.163	-0.0406	0.0123	-0.0373	0.0662	-0.0511	-2.8678	-0.691	46.6993
2	2.0786	-0.2514	0.4087	1.8334	-0.7016	2.8072	0.0338	-0.3689	-0.0419	0.2141	-0.0137	-0.2564	-0.0042	0.5364	-0.0201	-0.2698	-0.0367	-0.0489	-0.0376	-0.0107	-0.0968	28.0079	-4.0345	40.7464
3	3.9842	0.0862	-0.8225	1.4096	-0.3511	4.5839	0.2849	0.9301	0.3302	-0.3603	-0.1443	0.1989	-0.3984	-0.9336	-0.1406	-0.1651	0.157	-0.0203	-0.0028	0.0799	-0.1735	13.3905	51.6454	9.8015
4	2.8778	0.1254	-0.4446	1.6179	-0.0458	1.4993	0.0293	0.2757	-0.2022	-0.0919	-0.0338	-0.2124	0.0476	0.0669	0.0045	-0.123	0.0133	-0.0093	-0.1842	-0.0192	-0.0682	40.3462	35.6635	15.7121
5	1.5946	-0.3067	0.1703	1.6392	0.9949	3.4243	0.0737	-0.4143	0.2199	0.2955	0.0358	-0.1202	0.3006	0.2866	-0.1095	-0.1351	-0.0769	-0.0202	-0.0674	-0.0618	-0.0922	31.8144	44.7762	47.0159
6	2.2958	-0.5681	-0.5828	2.0424	0.6949	2.2892	0.0328	-0.3361	0.1226	0.1798	-0.1184	0.2058	-0.0066	-0.631	0.0856	-0.2775	-0.0491	0.0243	0.0114	-0.0759	-0.124	0.9561	48.2712	41.0165
7	1.6505	-0.3824	-1.6319	1.3053	0.2432	4.0894	0.0541	0.2904	-0.2008	-0.3075	-0.0159	-0.05	0.1496	0.2279	-0.0382	-0.102	0.0133	-0.0073	-0.1475	-0.0822	-0.0386	16.2987	-6.7087	9.2617
8	6.92	1.8603	-8.8233	0.8734	-6.9539	2.3213	0.0302	0.1734	-0.0586	-0.2507	0.3381	0.1222	0.1755	0.1972	-0.3684	-0.0727	-0.3032	0.0147	0.7218	-0.1353	-0.3403	5.3111	17.6218	-9.0749
9	1.4614	-0.6802	0.2118	1.5314	-0.2321	1.8304	0.1531	0.1484	-0.0248	-0.1242	0.0264	0.255	0.0907	-0.2699	-0.1795	-0.238	0.0022	-0.023	-0.2032	0.0387	-0.0972	-11.9318	7.906	16.4174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|202 - A\|351}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|471 - A\|496,A\|526 - A\|682}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|206 - B\|351}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|471 - B\|496,B\|526 - B\|687}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|205 - C\|351}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|471 - C\|496,C\|526 - C\|681}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|202 - D\|351}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|366 - D\|474,D\|491 - D\|525}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{D\|475 - D\|490,D\|526 - D\|688}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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