PDB-4caz: CRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4caz

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa IN COMPLEX WITH NADH

要素

BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NADH COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Sanchez, A.G. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structural Bases of the Dual Coenzyme Specificity of Betaine Aldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A.

履歴

登録	2013年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4caz.cif.gz	435.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4caz.ent.gz	356.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4caz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4caz_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4caz_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4caz_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	4caz_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4caz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4caz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cbbC 2wmeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zqa-d 6bpg-2 2xdr-d 6bpg-1 4cbb-1 4q92-d 2wme-1 6o4k-2 4qje-d 6wsb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.854, 157.854, 107.284
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH 分子量: 53390.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PCALBETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 559分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-TXE / [[(2R,3S,4R,5R)-5-[(3R)-3-aminocarbonyl-3,4-dihydro-2H-pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanidyl-ph osphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate / 1,2,3,4-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 667.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₁N₇O₁₄P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	1,2-ETHANEDIOL (EDO): FRAGMENT OF A PEG MOLECULE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN 85 MM HEPES PH 6.9, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 21.5% (W:V)PEG 4000, 15% (V:V) GLYCEROL AND 2MM NADH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日詳細: TWO VERTICALLY STACKED SPHERICAL MIRRORS, EITHER COATED WITH RHODIUM OR UNCOATED
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→20 Å / Num. obs: 49914 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.6 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WME

2wme

解像度: 2.55→19.732 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1807	2537	5.1 %
R_work	0.1391	-	-
obs	0.1412	49906	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7488	0	378	498	8364

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8077
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	10864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.327	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.159	1217
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.599	0.211	149	0.1648	2560	X-RAY DIFFRACTION	98
2.599-2.6519	0.2198	145	0.1489	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6519-2.7094	0.2248	139	0.1443	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7094-2.7723	0.1871	144	0.1393	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8414	0.1776	146	0.1402	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8414-2.918	0.2076	150	0.1318	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.918-3.0036	0.1941	131	0.1293	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0036-3.1002	0.1842	157	0.1272	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1002-3.2105	0.1797	152	0.1264	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2105-3.3385	0.1898	126	0.1257	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3385-3.4896	0.1819	131	0.1225	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4896-3.6725	0.1485	133	0.1196	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6725-3.9009	0.1964	146	0.1361	2563	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9009-4.1994	0.1485	145	0.125	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1994-4.6171	0.1282	120	0.1217	2475	X-RAY DIFFRACTION	92
4.6171-5.2741	0.1726	141	0.1376	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2741-6.6032	0.2379	139	0.1849	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6032-19.7323	0.1885	143	0.1745	2757	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5514	0.1279	-0.093	0.6888	0.0307	0.5811	-0.0596	0.0256	-0.0863	0.0562	-0.0126	0.0573	0.1645	-0.0716	0.0316	0.2208	-0.0215	0.0245	0.1306	0.0127	0.1722	74.0222	-17.5182	39.048
2	0.4781	0.0569	-0.0664	0.8012	0.3721	0.574	0.0004	-0.1471	-0.0347	0.2096	0.1211	-0.3233	0.0906	0.2626	-0.0269	0.2319	0.0413	-0.1054	0.3062	-0.0344	0.3071	114.6981	-0.1724	53.5994
3	0.5101	-0.02	-0.0745	0.0699	0.0112	0.0742	-0.1905	-0.0707	-0.1684	0.1567	0.1113	-0.1113	0.0401	0.0728	0.0134	0.4573	-0.0182	-0.041	0.3522	-0.0037	0.3541	94.3633	-10.2722	48.1138
4	0.1702	0.054	-0.0366	0.3053	0.1069	0.2762	0.0089	-0.0388	-0.0393	0.1051	0.0139	-0.049	0.0907	0.0258	-0.001	0.2327	0.0076	-0.0092	0.1729	0.0191	0.1403	90.714	-9.9085	45.3419
5	1.1255	-0.9791	1.0428	1.8372	-2.0119	4.9811	0.0606	0.228	0.0245	-0.1446	-0.1083	0.0591	0.2221	-0.075	0.0632	0.6625	-0.1604	-0.0335	0.6525	-0.045	0.5891	61.3998	-31.9011	27.4254
6	5.9717	2.0068	2.061	6.7777	-0.6235	3.8827	-0.1131	0.2368	-0.0561	-0.898	0.1124	-0.6628	0.3885	0.5984	0.0027	0.7976	-0.0083	-0.0864	0.9182	-0.115	0.9655	133.7289	12.8415	58.3719
7	0.3072	-0.0349	0.0174	0.0733	0.0309	0.3838	0.1037	0.1222	0.1131	0.0486	-0.0229	0.0249	0.147	0.118	0.0129	0.8536	-0.0616	-0.1082	0.5096	0.044	0.5437	87.8679	-12.809	56.299
8	5.7048	-7.3399	-5.8535	9.4556	7.532	6.0058	-0.0516	0.5286	-0.7774	-0.1124	-0.3294	0.5124	0.556	-0.3254	0.5374	0.8823	-0.0094	0.3011	0.6039	-0.0393	0.5901	64.1283	-16.1784	39.4961
9	1.6554	-3.1194	-1.7278	6.0606	3.1803	1.8339	-0.1634	-0.7686	0.5325	0.5612	0.4936	-0.3337	-0.1767	0.3312	-0.3215	0.5828	0.301	-0.0538	0.5591	-0.1624	0.6707	124.3747	-0.8618	52.4305
10	0.1929	-0.0205	-0.0985	0.1609	-0.0247	0.1888	-0.0418	-0.0449	-0.0717	0.1984	-0.0131	-0.0672	0.0178	-0.0468	0.007	0.5346	0.0591	-0.034	0.4135	0.0727	0.4853	90.0428	-11.1283	42.098
11	0.1287	0.0468	-0.1231	0.037	-0.0566	0.1238	-0.1033	-0.1441	-0.0193	0.3902	-0.2326	-0.0516	0.2714	-0.1569	0.068	0.8445	0.026	-0.101	0.7414	0.1249	0.6375	94.4246	-12.5188	50.8839

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN H
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN I
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN J
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN K
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN N
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN O
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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