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Yorodumi- PDB-4caz: CRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4caz | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM Pseudomonas aeruginosa IN COMPLEX WITH NADH | ||||||
Components | BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NADH COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Gonzalez-Segura, L. / Diaz-Sanchez, A.G. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The Structural Bases of the Dual Coenzyme Specificity of Betaine Aldehyde Dehydrogenase from Pseudomonas Aeruginosa Authors: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Rodriguez-Sotres, R. / Mujica-Jimenez, C. / Munoz-Clares, R.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4caz.cif.gz | 435.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4caz.ent.gz | 356.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4caz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4caz_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4caz_full_validation.pdf.gz | 2 MB | Display | |
Data in XML | 4caz_validation.xml.gz | 44.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4caz_validation.cif.gz | 62.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4caz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4caz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4cbbC 2wmeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 53390.262 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Plasmid: PCALBETB / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase |
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-Non-polymers , 6 types, 559 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | 1,2-ETHANEDIOL |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.26 Å3/Da / Density % sol: 76.62 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: CRYSTALS WERE GROWN IN 85 MM HEPES PH 6.9, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 21.5% (W:V)PEG 4000, 15% (V:V) GLYCEROL AND 2MM NADH |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.9793 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Mar 29, 2012 Details: TWO VERTICALLY STACKED SPHERICAL MIRRORS, EITHER COATED WITH RHODIUM OR UNCOATED |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→20 Å / Num. obs: 49914 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 39.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.55→2.6 Å / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WME Resolution: 2.55→19.732 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→19.732 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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