PDB-4ca0: Structural Basis for the microtubule binding of the human kinetoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ca0

タイトル

Structural Basis for the microtubule binding of the human kinetochore Ska complex

要素

SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

キーワード

CELL CYCLE / CELL DIVISON / KINETOCHORE-MICROTUBULE ATTACHMENT / WINGED-HELIX DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of mitotic spindle assembly checkpoint signaling / SKA complex / establishment of meiotic spindle orientation / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle microtubule / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic sister chromatid segregation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.259 Å

データ登録者

Abad, M. / Medina, B. / Santamaria, A. / Zou, J. / Plasberg-Hill, C. / Madhumalar, A. / Jayachandran, U. / Redli, P.M. / Rappsilber, J. / Nigg, E.A. / Jeyaprakash, A.A.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Microtubule Recognition by the Human Kinetochore Ska Complex.
著者: Abad, M.A. / Medina, B. / Santamaria, A. / Zou, J. / Plasberg-Hill, C. / Madhumalar, A. / Jayachandran, U. / Redli, P.M. / Rappsilber, J. / Nigg, E.A. / Jeyaprakash, A.A.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ca0.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ca0.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ca0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4ca0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/4ca0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c9yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1k5w-d 2chd-d 2fpe-4 5qu4-2 4ihb-1 6sqm-2 5lpk-7 1y7y-d 1anu-d 6nyc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

B: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

29.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1

ソフトウェアが定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.180, 47.180, 116.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	SPINDLE AND KINETOCHORE-ASSOCIATED PROTEIN 1 / SKA1 分子量: 14644.111 Da / 分子数: 2 / 断片: MT-BINDING DOMAIN, RESDUES 133-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEC-CDF-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q96BD8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 24% PEG 1500 AND 20% GLYCEROL, pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.541
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月21日 / 詳細: VARIMAX HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→2.37 Å / Num. obs: 13570 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 41.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.259→15.443 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 32.73 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: 52-56 UNSTRUCTURED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2675	2381	9.1 %
R_work	0.2252	-	-
obs	0.2292	13467	96.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.259→15.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1962	0	0	40	2002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	2678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.638	766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2587-2.3046	0.368	107	0.3043	1119	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3046-2.3546	0.2941	151	0.269	1426	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3546-2.4091	0.3069	131	0.2573	1400	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4091-2.4691	0.302	150	0.2703	1407	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4691-2.5356	0.3182	133	0.2591	1346	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5356-2.6099	0.3951	162	0.2697	1449	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6099-2.6937	0.3281	119	0.2867	1363	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6937-2.7894	0.3567	131	0.2948	1481	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7894-2.9004	0.4016	143	0.278	1398	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9004-3.0315	0.3463	146	0.3054	1380	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0315-3.19	0.3925	144	0.2654	1414	X-RAY DIFFRACTION	98
3.19-3.3879	0.3186	139	0.2333	1443	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3879-3.6463	0.3146	168	0.2326	1420	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6463-4.0074	0.2264	137	0.214	1396	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0074-4.574	0.2053	124	0.1794	1469	X-RAY DIFFRACTION	99
4.574-5.7139	0.2156	135	0.1871	1458	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7139-15.4436	0.1786	161	0.1774	1422	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0043	-0.7481	-0.1698	3.2181	1.3434	4.616	0.0084	-0.4597	-0.0216	-0.0457	-0.2713	0.2321	-0.4506	-0.1891	0.2449	0.2282	0.0893	0.0155	1.13	-0.0434	0.354	-22.8187	36.6403	54.1555
2	7.2573	1.5876	-1.0942	1.5402	0.9065	1.2659	0.1116	-0.6374	-0.2256	0.0548	-0.0902	0.1172	0.0029	-0.4791	-0.0491	0.2945	0.0547	0.02	1.1368	-0.0476	0.3226	-27.3698	37.5008	60.9674
3	0.4397	0.181	0.0503	1.455	1.1873	0.9924	-0.2087	-0.3795	-0.2075	0.2554	0.0911	0.3782	0.2213	0.0655	0.1518	0.3082	0.0345	0.0407	1.2101	0.023	0.4253	-27.4963	28.6044	56.8584
4	1.7866	1.3842	-0.0867	4.1123	1.2465	5.1931	0.0127	0.4	-0.1533	0.0093	-0.2829	0.2834	0.4114	-0.2853	0.2294	0.2064	-0.0771	-0.024	1.1196	-0.0566	0.3593	0.8046	31.4612	61.9824
5	2.4571	-1.8815	0.0754	2.6644	1.2591	2.5444	-0.068	0.7528	0.3747	-0.0342	0.0893	0.1713	0.0945	-0.6627	-0.0558	0.2902	-0.0895	0.0056	1.1964	0.0083	0.3526	-3.7755	30.5817	55.1451
6	0.9747	-1.0458	-0.907	1.1354	0.9487	0.8878	-0.1748	0.376	0.145	-0.2344	0.1352	0.2458	-0.2275	0.039	0.0649	0.2996	-0.0177	-0.0585	1.171	0.0078	0.4563	-3.9216	39.512	59.2654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 70 THROUGH 94 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESID 95 THROUGH 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 95 THROUGH 124 )

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