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万見
- PDB-4c9l: Structure of Cyanide and Camphor bound wild type CYP101D1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c9l
タイトルStructure of Cyanide and Camphor bound wild type CYP101D1
要素CYTOCHROME P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CAMPHOR / CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Batabyal, D. / L Poulos, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild Type and Active Sites Mutants of Cyp101D1.
著者: Batabyal, D. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Atomic model
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450
B: CYTOCHROME P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2658
ポリマ－94,6762
非ポリマー1,5896
水17,583976
1
A: CYTOCHROME P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1334
ポリマ－47,3381
非ポリマー7953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1334
ポリマ－47,3381
非ポリマー7953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.529, 151.529, 196.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2142-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 / CYP101D1


分子量: 47337.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア)
株: DSM12444 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GB12
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ-


分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16O
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.2 / 詳細: 100MM TRIS PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.6 Å / Num. obs: 121806 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LXI

3lxi


解像度: 1.801→46.301 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 1999 1.6 %
Rwork0.152 --
obs0.1525 121658 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→46.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6471 0 112 976 7559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4029232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5932516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.801-1.8460.24111400.18118383X-RAY DIFFRACTION99
1.846-1.89590.2291390.1648379X-RAY DIFFRACTION99
1.8959-1.95170.21561410.16298423X-RAY DIFFRACTION99
1.9517-2.01470.17441410.14828434X-RAY DIFFRACTION99
2.0147-2.08670.17741410.14238443X-RAY DIFFRACTION99
2.0867-2.17030.16221420.148454X-RAY DIFFRACTION99
2.1703-2.26910.16241410.13668479X-RAY DIFFRACTION100
2.2691-2.38870.16971420.13978512X-RAY DIFFRACTION100
2.3887-2.53830.18841430.1438535X-RAY DIFFRACTION100
2.5383-2.73430.19271440.15488571X-RAY DIFFRACTION100
2.7343-3.00940.19561430.15948590X-RAY DIFFRACTION100
3.0094-3.44480.17721440.15798676X-RAY DIFFRACTION100
3.4448-4.33950.16651470.14328727X-RAY DIFFRACTION100
4.3395-46.31670.18711510.16319053X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7008-0.3690.00140.97510.08550.4717-0.01860.02970.0082-0.06820.0092-0.0557-0.05490.11080.00740.0768-0.0234-0.01510.1595-0.00920.093434.991117.58143.9067
20.93650.0847-0.05150.5390.10020.69380.03010.07260.0495-0.0909-0.00750.1224-0.1941-0.1146-0.03170.16860.0246-0.04610.1630.01210.138411.386830.52733.1616
30.91620.13480.14961.7184-0.28071.2703-0.01830.13930.229-0.05920.0305-0.0938-0.26530.2485-0.01660.2262-0.0575-0.02680.21240.03280.172127.590439.1342-5.5514
40.9309-0.3284-0.00830.65860.04210.6229-0.0679-0.0789-0.05180.02460.05620.0729-0.0801-0.01530.01560.0840.0054-0.01850.1421-0.00130.092620.419621.067712.3389
51.5383-0.5608-0.15950.71670.05250.1915-0.0435-0.07430.03060.02450.036-0.0546-0.01690.0420.02130.0890.0082-0.00310.22290.00610.116151.283512.00834.4545
61.8715-0.0379-0.33270.68260.01431.20180.0293-0.330.30360.0502-0.013-0.1985-0.15310.1560.02760.1026-0.0136-0.04550.29780.01420.24666.996518.419336.5589
71.3378-0.50090.00850.8669-0.22440.4798-0.01870.0437-0.1333-0.06020.02060.01720.04720.0237-0.00480.04610.00920.00090.16620.0090.091547.78766.648629.2466
81.1606-0.47480.06611.13490.53451.0663-0.0873-0.1228-0.40020.16540.09370.10970.20170.06190.00670.10240.04250.02730.23180.05650.26155.4968-6.972636.919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 122 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 123 THROUGH 193 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 194 THROUGH 242 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 243 THROUGH 417 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 11 THROUGH 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 173 THROUGH 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 243 THROUGH 367 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 368 THROUGH 417 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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