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- PDB-4c5g: Crystal structure of the minimal Pho-Sfmbt complex (P6122 spacegroup) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c5g
タイトルCrystal structure of the minimal Pho-Sfmbt complex (P6122 spacegroup)
要素
  • POLYCOMB PROTEIN PHO
  • POLYCOMB PROTEIN SFMBT
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / polytene chromosome puff / imaginal disc growth / DNA Damage Recognition in GG-NER / SUMOylation of chromatin organization proteins / Estrogen-dependent gene expression / UCH proteinases / polytene chromosome / PcG protein complex / Ino80 complex ...Transcriptional Regulation by E2F6 / polytene chromosome puff / imaginal disc growth / DNA Damage Recognition in GG-NER / SUMOylation of chromatin organization proteins / Estrogen-dependent gene expression / UCH proteinases / polytene chromosome / PcG protein complex / Ino80 complex / dendrite morphogenesis / anterior/posterior axis specification / oogenesis / DNA topological change / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / DNA recombination / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. ...Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain (Sterile alpha motif) / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb protein PHO / Polycomb protein Sfmbt
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Alfieri, C. / Glatt, S. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Targeting the Chromatin Repressor Sfmbt to Polycomb Response Elements
著者: Alfieri, C. / Gambetta, M.C. / Matos, R. / Glatt, S. / Sehr, P. / Fraterman, S. / Wilm, M. / Mueller, J. / Mueller, C.W.
履歴
登録2013年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYCOMB PROTEIN SFMBT
B: POLYCOMB PROTEIN PHO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6982
ポリマ－54,6982
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-13.6 kcal/mol
Surface area22870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.100, 155.100, 100.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 POLYCOMB PROTEIN SFMBT / SCM-LIKE WITH FOUR MBT DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / DSFMBT


分子量: 51067.664 Da / 分子数: 1 / 断片: 4MBT, RESIDUES 531-980 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9VK33
#2: タンパク質・ペプチド POLYCOMB PROTEIN PHO / PROTEIN PLEIOHOMEOTIC / TRANSCRIPTION FACTOR YY1 HOMOLOG


分子量: 3630.202 Da / 分子数: 1 / 断片: SPACER, RESIDUES 145-172 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q8ST83
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93927
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 41850 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENRTY 3H6Z

3h6z


解像度: 2.1→47.2 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 2090 5 %
Rwork0.2042 --
obs0.2059 41849 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3677 0 0 299 3976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6865241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3121371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.14890.36861340.35082537X-RAY DIFFRACTION98
2.1489-2.20270.38371360.31622606X-RAY DIFFRACTION99
2.2027-2.26220.34611360.31962589X-RAY DIFFRACTION99
2.2622-2.32880.351380.28792604X-RAY DIFFRACTION99
2.3288-2.40390.35521360.27122608X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.48990.30811380.25992609X-RAY DIFFRACTION99
2.4899-2.58950.29191370.24552624X-RAY DIFFRACTION99
2.5895-2.70740.29741390.22962632X-RAY DIFFRACTION100
2.7074-2.85010.25521390.22192639X-RAY DIFFRACTION100
2.8501-3.02860.27941390.2262650X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.26240.25511400.20682662X-RAY DIFFRACTION100
3.2624-3.59060.21181390.17862669X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-4.110.17251420.16882706X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.17710.18281440.15312731X-RAY DIFFRACTION100
5.1771-47.21180.20321530.18662893X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98150.1879-0.82441.8777-0.22212.3044-0.13990.3234-0.52760.03550.0944-0.1530.2142-0.2380.0780.1539-0.02990.01270.1413-0.08270.243616.1318-60.3806-20.0355
21.9702-0.0214-0.09911.0419-0.46812.154-0.17650.3874-0.3242-0.10410.0823-0.18520.04060.13870.07110.2122-0.03550.05610.2254-0.08510.224.659-57.9659-30.3576
32.4597-0.1783-0.55670.76230.71353.03440.1366-0.52590.25130.1076-0.02330.0742-0.66360.1584-0.13720.3198-0.05470.01470.29310.03520.14994.2353-46.22649.1195
42.34240.46870.34570.9336-0.10211.9677-0.1453-0.4255-0.29340.18750.13120.15380.0584-0.61570.06130.2273-0.00880.05870.38490.12150.1748-6.3669-59.56141.3002
52.86741.07110.86670.39410.34331.8853-0.1931-0.09660.13620.1416-0.1421-0.01160.3205-0.71930.3170.55940.41530.10521.05710.20110.68754.8783-43.631-30.6999
66.2945-0.2716-1.83561.7427-0.00372.0049-0.34410.74190.52870.00370.235-0.3966-0.16520.3021-0.10650.1433-0.1332-0.00130.433-0.01890.129523.567-46.4464-36.4055
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 533 THROUGH 586 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 587 THROUGH 674 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 675 THROUGH 823 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 824 THROUGH 977 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 141 THROUGH 147 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 148 THROUGH 170 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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