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- PDB-3h6z: Crystal Structure of the Four MBT Repeats of Drosophila melanogas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h6z
タイトルCrystal Structure of the Four MBT Repeats of Drosophila melanogaster Sfmbt in Complex with Peptide RHR (me)K VLR
要素
  • 'HR(MLZ)VLR
  • Polycomb protein Sfmbt
キーワードTRANSCRIPTION / MBT / MBR repeat / aromatic cage / Chromatin regulator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Repressor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / imaginal disc growth / SUMOylation of chromatin organization proteins / PcG protein complex / oogenesis / : / heterochromatin formation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding ...Transcriptional Regulation by E2F6 / imaginal disc growth / SUMOylation of chromatin organization proteins / PcG protein complex / oogenesis / : / heterochromatin formation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. ...Sfmbt, SAM domain / : / : / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SAM domain (Sterile alpha motif) / SH3 type barrels. - #140 / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Polycomb protein Sfmbt
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Grimm, C. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Molecular recognition of histone lysine methylation by the Polycomb group repressor dSfmbt
著者: Grimm, C. / Matos, R. / Ly-Hartig, N. / Steuerwald, U. / Lindner, D. / Rybin, V. / Muller, J. / Muller, C.W.
履歴
登録2009年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns / struct_conn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / reflns / reflns_shell
Item: _refine.ls_number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate ..._refine.ls_number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein Sfmbt
L: 'HR(MLZ)VLR
B: Polycomb protein Sfmbt
M: 'HR(MLZ)VLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7538
ポリマ－102,3844
非ポリマー1,3694
水1,17165
1
A: Polycomb protein Sfmbt
L: 'HR(MLZ)VLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8764
ポリマ－51,1922
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein Sfmbt
M: 'HR(MLZ)VLR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8764
ポリマ－51,1922
非ポリマー6852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.800, 97.040, 214.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質 Polycomb protein Sfmbt / Scm-like with four MBT domain-containing protein 1 / dSfmbt


分子量: 50366.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 535-977 / 変異: K185D, R356S, R370D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sfmbt / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9VK33
#2: タンパク質・ペプチド 'HR(MLZ)VLR


分子量: 825.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 3.7M NaCl, pH7, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日
放射モノクロメーター: ESRF ID14-4 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 37129 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.551 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0065精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 28.518 / SU ML: 0.258 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.646 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1884 5.1 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 35240 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.44 Å2 / Biso mean: 37.931 Å2 / Biso min: 19.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6958 0 92 65 7115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227254
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9549876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.30223.626342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.798151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9151542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3571.54348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.68127018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.80532906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3364.52858
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 133 -
Rwork0.326 2522 -
all-2655 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2574-2.1043.40843.55080.33738.2616-0.1833-0.37310.50660.07590.1044-0.278-0.6927-0.12870.0789-0.1685-0.12910.0958-0.1278-0.0374-0.010634.982640.506142.1275
21.915-0.7041-3.86982.41243.853810.56440.07190.04430.1417-0.2863-0.24180.2712-0.2174-0.46420.1699-0.08460.0043-0.0013-0.002-0.02370.06419.886140.615948.6745
34.99-0.5365-2.78530.50041.7736.45940.1943-0.65470.3588-0.2048-0.1070.0129-0.74450.7854-0.0873-0.0213-0.08830.07220.0785-0.10940.036927.143845.103157.4147
46.3173.6201-1.57452.4831-2.56077.1250.0427-0.5306-0.13590.2844-0.1357-0.26170.24170.35610.0931-0.17920.021-0.0249-0.0026-0.15920.104422.361340.15464.4392
50.8909-1.4065-3.08852.22054.87610.7069-0.26630.114-0.10370.3557-0.10280.42560.2675-0.24180.3691-0.0249-0.0670.04220.1626-0.05880.111117.265936.199650.5018
61.85190.36880.70161.98020.874.40640.1638-0.1547-0.0663-0.00180.0123-0.27680.35950.2276-0.176-0.0817-0.0514-0.0266-0.10540.006-0.022533.909116.942425.6369
74.29971.6073-0.10852.9040.36954.67320.02610.1976-0.0517-0.2548-0.11510.16460.196-0.19280.089-0.0713-0.10750.0084-0.0757-0.0019-0.096223.008613.322117.1605
82.98551.64440.23498.4552-1.67558.27010.00540.5130.1525-0.06050.22970.3601-0.1383-0.152-0.2351-0.14770.0110.0794-0.07230.0886-0.083535.327433.404910.2798
95.14274.56560.17096.752-1.24691.9822-0.12580.2316-0.1481-0.24160.0894-0.24040.1490.26010.0364-0.0921-0.01050.0324-0.01190.0934-0.114936.406431.918210.1737
102.9867-0.175-2.30722.0628-1.26727.2332-0.00970.65440.2804-0.2258-0.1742-0.0251-0.2928-0.38760.1839-0.0863-0.0157-0.056-0.06030.06680.004334.744941.96798.8403
110.90810.2551.4732.9868-0.71132.92410.21910.16160.2018-0.2901-0.1827-0.2014-0.09680.2504-0.0364-0.1072-0.06030.0396-0.0479-0.0308-0.038438.323438.177229.8467
1210.09741.7197-1.57432.5102-1.27932.15570.289-0.19390.29390.2894-0.12810.00280.1760.0505-0.1609-0.0821-0.0431-0.0213-0.0576-0.01-0.073939.828432.372541.8791
134.3182-0.4655-2.83193.7167-0.31289.21330.078-0.3578-0.5774-0.0602-0.17380.05940.7279-0.08860.0958-0.1617-0.1232-0.1096-0.09170.0684-0.02010.5967-22.560338.0593
141.4348-0.06853.02773.0774-3.589110.24850.09150.1696-0.1226-0.3044-0.2608-0.20230.54210.58920.1694-0.09150.0078-0.0144-0.0352-0.00130.037815.6117-22.659844.7797
154.568-1.97832.80341.6729-1.77583.95870.1588-0.4236-0.3328-0.2070.126-0.00731.0388-0.5634-0.2849-0.0321-0.0478-0.09640.0260.12450.038.3078-27.426153.3334
164.83292.08742.55053.56742.42196.3338-0.0124-0.240.17510.4852-0.035-0.0272-0.0711-0.32180.0474-0.17850.0267-0.0063-0.07450.07090.019112.9427-22.568560.5101
170.7933-1.41062.9072.5082-5.16910.6525-0.2970.10240.16760.190.0001-0.3896-0.20780.08340.2969-0.1-0.0601-0.04660.10490.00940.080918.1601-18.252646.7464
181.29590.4555-0.7192.6858-2.26967.2376-0.0755-0.15510.0723-0.04720.13930.305-0.3351-0.4222-0.0638-0.0815-0.0421-0.011-0.1166-0.0081-0.03731.57971.418322.1659
192.4567-0.02751.01855.648-1.04842.71770.12040.07540.0257-0.1811-0.1703-0.4669-0.26040.11910.0499-0.0661-0.12920.0426-0.0282-0.0179-0.103912.6665.4214.2212
201.98411.9941-3.8554.9954-0.966710.3163-0.12780.065-0.4080.01830.0504-0.20370.1412-0.08430.0774-0.0906-0.0252-0.0758-0.0470.0031-0.05860.7811-14.52546.4992
215.92685.0343-0.88217.45880.53913.798-0.19960.22320.2188-0.42130.12820.39460.0222-0.47240.0714-0.0321-0.1032-0.00520.0567-0.0541-0.1947-0.6184-13.30016.2737
222.5353-0.65073.0910.167-0.78279.8348-0.12040.4708-0.41290.00540.10160.09880.51470.05960.01890.0638-0.0769-0.009-0.0892-0.02340.03791.2494-23.22324.7419
231.9171-1.3079-1.7482.60861.11894.17070.10080.1709-0.1682-0.2448-0.04420.13250.2201-0.4108-0.0566-0.0883-0.121-0.037-0.02440.0597-0.0759-2.6251-19.977525.796
249.9211-0.30872.51440.82141.14154.75150.1166-0.1398-0.19430.3371-0.1343-0.021-0.09890.04080.0177-0.0504-0.091-0.0069-0.14010.0159-0.1333-4.3308-14.476437.95
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A531 - 559
2X-RAY DIFFRACTION2A560 - 576
3X-RAY DIFFRACTION3A593 - 621
4X-RAY DIFFRACTION4A622 - 659
5X-RAY DIFFRACTION5A660 - 686
6X-RAY DIFFRACTION6A687 - 747
7X-RAY DIFFRACTION7A748 - 794
8X-RAY DIFFRACTION8A795 - 817
9X-RAY DIFFRACTION9A818 - 873
10X-RAY DIFFRACTION10A874 - 908
11X-RAY DIFFRACTION11A909 - 963
12X-RAY DIFFRACTION12A964 - 977
13X-RAY DIFFRACTION13B531 - 559
14X-RAY DIFFRACTION14B560 - 576
15X-RAY DIFFRACTION15B593 - 621
16X-RAY DIFFRACTION16B622 - 659
17X-RAY DIFFRACTION17B660 - 686
18X-RAY DIFFRACTION18B687 - 747
19X-RAY DIFFRACTION19B748 - 794
20X-RAY DIFFRACTION20B795 - 816
21X-RAY DIFFRACTION21B817 - 873
22X-RAY DIFFRACTION22B874 - 908
23X-RAY DIFFRACTION23B909 - 963
24X-RAY DIFFRACTION24B964 - 977

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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