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- PDB-4bxw: Crystal Structure of the Prothrombinase Complex from the Venom of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bxw
タイトルCrystal Structure of the Prothrombinase Complex from the Venom of Pseudonaja Textilis
要素
  • COAGULATION FACTOR V
  • FACTOR XA
キーワードBLOOD CLOTTING / BLOOD COAGULATION / PROTHROMBINASE / FACTOR V / FACTOR X / HYDROLASE / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of blood coagulation in another organism / venom-mediated blood coagulation / peptidase activator activity / coagulation factor Xa / blood coagulation / signaling receptor activity / toxin activity / copper ion binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding ...induction of blood coagulation in another organism / venom-mediated blood coagulation / peptidase activator activity / coagulation factor Xa / blood coagulation / signaling receptor activity / toxin activity / copper ion binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / Cupredoxin / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE / Chem-0GJ / Venom prothrombin activator pseutarin-C catalytic subunit / Coagulation factor V / Venom prothrombin activator pseutarin-C catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDONAJA TEXTILIS (コブラ)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Lechtenberg, B.C. / Murray-Rust, T.A. / Johnson, D.J.D. / Adams, T.E. / Krishnaswamy, S. / Camire, R.M. / Huntington, J.A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the Prothrombinase Complex from the Venom of Pseudonaja Textilis.
著者: Lechtenberg, B.C. / Murray-Rust, T.A. / Johnson, D.J. / Adams, T.E. / Krishnaswamy, S. / Camire, R.M. / Huntington, J.A.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FACTOR XA
B: FACTOR XA
F: COAGULATION FACTOR V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2319
ポリマ－96,1403
非ポリマー1,0916
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-22.6 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.310, 179.310, 179.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-230-

ARG

21B-230-

ARG

31B-2061-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 FACTOR XA


分子量: 47041.273 Da / 分子数: 2 / 断片: EGF2-CATALYTIC DOMAIN CONSTRUCT, RESIDUES 41-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PSEUTARIN C CATALYTIC SUBUNIT / 由来: (組換発現) PSEUDONAJA TEXTILIS (コブラ) / 器官: VENOM GLAND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q6IT10, UniProt: Q56VR3*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド COAGULATION FACTOR V / FACTOR V A2 PEPTIDE


分子量: 2057.041 Da / 分子数: 1 / 断片: A2 PEPTIDE, RESIDUES 693-710 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 663 TO 680 OF P. TEXTILIS FV / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q593B6

-
非ポリマー , 4種, 167分子

#3: 化合物 ChemComp-0GJ / L-alpha-glutamyl-N-{(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-[(1S)-2-chloro-1-hydroxyethyl]butyl}glycinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 395.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28ClN6O5 / 参照: GLU-GLY-ARG-CHLOROMETHYL KETONE
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細EGF2-CATALYTIC DOMAINS ONLY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 45MM MES PH 5.5 AND 5.6% PVP K12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.527
11-H, L, K20.473
反射解像度: 2.71→73.2 Å / Num. obs: 26001 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.71→2.85 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL BASED ON PDB ENTRY 1HCG

1hcg


解像度: 2.71→73.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 11.594 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AUTO LOCAL NCS USED IN REFMAC
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23308 1351 5.2 %RANDOM
Rwork0.15537 ---
obs0.15917 24649 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.82 Å27.74 Å2-22.16 Å2
2---29.23 Å2-15.2 Å2
3---54.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→73.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4300 0 69 161 4530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0194483
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6691.9566097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1035578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.90324.235170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39615663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3751515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0213365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.714→2.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 108 -
Rwork0.325 1763 -
obs--98.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1788-1.9898-0.60494.27691.01833.78080.1195-0.2861-0.2630.49090.2219-0.3856-0.02850.4929-0.34130.20830.0895-0.04340.1714-0.02560.0827-12.227616.978416.5053
21.956-0.24360.36412.11870.01590.8486-0.0264-0.0785-0.02160.10940.01360.20060.031-0.30340.01290.12370.05160.05190.18620.0390.1251-29.101513.8824-3.1769
32.0791-0.0799-0.40071.2679-0.49130.8181-0.04540.0578-0.0601-0.05640.02930.1879-0.0014-0.26780.01610.1140.0699-0.00520.17790.01140.0887-30.052319.8335-10.6533
40.7267-0.355-0.00751.51450.02280.76030.01590.0554-0.0561-0.0077-0.02030.03330.0198-0.05820.00440.09210.02870.02030.11420.02320.0819-19.0837.9445-5.563
50.48550.5450.74380.74391.86079.17540.1349-0.06150.04210.00230.03210.0261-0.67270.358-0.1670.1622-0.0327-0.00450.2487-0.04050.3388-13.00923.5215-3.1697
62.7686-3.048-1.90674.12171.03272.8549-0.17980.202-0.450.42290.02350.6579-0.3341-0.50910.15630.23690.0722-0.09260.1697-0.01760.4386-32.875261.6258-22.1264
70.8691-0.6908-0.66853.48763.26373.07410.1560.12990.1815-0.373-0.0015-0.2433-0.3858-0.0079-0.15450.2656-0.0764-0.04710.12120.08460.2959-19.105355.9958-30.1951
81.3956-0.1092-0.38971.7115-0.08541.4523-0.13810.1215-0.0182-0.03470.1173-0.1880.03740.2440.02080.10020.0151-0.0320.12850.02880.138-15.920735.87-26.2558
91.2425-0.01090.34050.85630.10351.3365-0.1150.18940.1344-0.05480.0531-0.0366-0.12890.04020.06190.1031-0.0178-0.05110.10190.05690.1532-25.123444.3684-35.5333
101.1970.2174-0.19551.9045-0.0651.7096-0.14950.15190.0767-0.09940.04530.14-0.0243-0.00390.10420.0837-0.0019-0.04220.13390.04680.1802-28.071440.5177-33.2578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A89 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A132 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3A215 - 252
4X-RAY DIFFRACTION4A253 - 398
5X-RAY DIFFRACTION5A399 - 410
6X-RAY DIFFRACTION6B89 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7B122 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8B175 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9B277 - 336
10X-RAY DIFFRACTION10B337 - 411

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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