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- PDB-4evw: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophospho... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4evw | ||||||
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Title | Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target VcR193. | ||||||
![]() | Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase involved in lipopolysaccharide biosynthesis/translation initiation factor 2B gamma/epsilon subunits (EIF-2Bgamma/eIF-2Bepsilon) | ||||||
Function / homology | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase from Vibrio cholerae RC9. Authors: Vorobiev, S. / Neely, H. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Kohan, E. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 214.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 180.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 430.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 29579.525 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: L211E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch crystallization under oil / pH: 7.5 Details: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 20% PEG 8000, 0.1M magnesium nitrate, 0.1M HEPES, pH 7.5, Microbatch crystallization under oil , temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 111486 / Num. obs: 111375 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 25.44 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 11100 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.669 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.54 Å2 / Biso mean: 32.746 Å2 / Biso min: 13 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→37.247 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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