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万見
- PDB-4bv9: Crystal structure of the NADPH form of mouse Mu-crystallin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bv9
タイトルCrystal structure of the NADPH form of mouse Mu-crystallin.
要素THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lysine catabolism / 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase [NAD(P)H] / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / hormone binding / sensory perception of sound / transcription corepressor activity ...Lysine catabolism / 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase [NAD(P)H] / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / hormone binding / sensory perception of sound / transcription corepressor activity / NADP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / PYRUVIC ACID / Ketimine reductase mu-crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.193 Å
データ登録者Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Mouse Mu-Crystallin Complexed with Nadph and the T3 Thyroid Hormone
著者: Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3627
ポリマ－72,4522
非ポリマー1,9095
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-30.2 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.840, 86.590, 93.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE / MU-CRYSTALLIN HOMOLOG / NADP-REGULATED THYROID-HORMONE-BINDING PROTEIN / KETIMINE REDUCTASE


分子量: 36226.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PDEST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: O54983, thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 100 MM BIS TRIS PH 5.5, 23% PEG 3350, 100 MM AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→40.98 Å / Num. obs: 30724 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル解像度: 2.19→2.29 Å / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I99

2i99


解像度: 2.193→40.984 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 1537 5 %
Rwork0.2129 --
obs0.2155 30716 95.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.193→40.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4524 0 123 236 4883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8526470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5431690
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004816
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1932-2.2640.32641330.27752523X-RAY DIFFRACTION93
2.264-2.34490.29111430.25492713X-RAY DIFFRACTION99
2.3449-2.43870.30121430.24982708X-RAY DIFFRACTION99
2.4387-2.54970.33991430.24312717X-RAY DIFFRACTION99
2.5497-2.68410.32141410.23572679X-RAY DIFFRACTION99
2.6841-2.85230.28971400.23592679X-RAY DIFFRACTION97
2.8523-3.07240.32221410.232667X-RAY DIFFRACTION97
3.0724-3.38150.28291380.21742623X-RAY DIFFRACTION95
3.3815-3.87040.22361390.18292643X-RAY DIFFRACTION94
3.8704-4.87510.18781360.1712583X-RAY DIFFRACTION92
4.8751-40.99090.21691400.18632644X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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