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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4buh | |||||||||
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タイトル | Human IgE against the major allergen Bet v 1 - Crystal structure of clone M0418 scFv | |||||||||
![]() | CLONE M0418 SCFV | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / ALLERGEN | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Davies, A.M. / Levin, M. / Lilljekvist, M. / Carlsson, F. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / Ohlin, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Ige Against the Major Allergen Bet V 1 - Defining an Epitope with Limited Cross-Reactivity between Different Pr-10 Family Proteins 著者: Levin, M. / Davies, A.M. / Lilljekvist, M. / Carlsson, F. / Gould, H.J. / Sutton, B.J. / Ohlin, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2yc1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.51519, -0.08823, 0.85252), ベクター: |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 28715.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.99 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.1M MES PH6.5, 25% PEG 4000, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→27.3 Å / Num. obs: 109350 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 12.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2YC1 解像度: 1.3→27.283 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SCFV CONSTRUCT IS NUMBERED SEQUENTIALLY.NUMBERS IN THE PUBLICATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY USE THE IMGT STANDARD NUMBERING SYSTEM. IN BOTH MOLECULES, TRP47 ADOPTS AN ALTERNATIVE ...詳細: SCFV CONSTRUCT IS NUMBERED SEQUENTIALLY.NUMBERS IN THE PUBLICATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY USE THE IMGT STANDARD NUMBERING SYSTEM. IN BOTH MOLECULES, TRP47 ADOPTS AN ALTERNATIVE CONFORMATION. ONE CONFORMER AT 0.5 OCCUPANCY FORMS A HYDROGEN BOND WITH A WATER MOLECULE AT 0.5 OCCUPANCY,WHICH OCCUPIES PART OF THE SAME SPACE AS THE SECOND TRP47 CONFORMER.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→27.283 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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