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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4br0 | ||||||
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タイトル | rat NTPDase2 in complex with Ca AMPNP | ||||||
![]() | ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / ADPASE / PURINERGIC SIGNALLING / DOMAIN ROTATION / TRANSITION STATE / NTPDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleoside diphosphate catabolic process / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / cellular response to interferon-alpha / response to auditory stimulus / cell projection membrane ...purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleoside diphosphate catabolic process / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ADP phosphatase activity / GDP phosphatase activity / cellular response to interferon-alpha / response to auditory stimulus / cell projection membrane / cellular response to interleukin-6 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / basement membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / platelet activation / cellular response to tumor necrosis factor / cell body / cellular response to lipopolysaccharide / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zebisch, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases 著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schaefer, P. / Lauble, P. / Straeter, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bqzC ![]() 4br2C ![]() 4br4C ![]() 4br5C ![]() 4br7C ![]() 4br9C ![]() 4braC ![]() 4brcC ![]() 4brdC ![]() 4breC ![]() 4brfC ![]() 4brgC ![]() 4brhC ![]() 4briC ![]() 4brkC ![]() 4brlC ![]() 4brmC ![]() 4brnC ![]() 4broC ![]() 4brpC ![]() 4brqC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50699.027 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 28-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O35795, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用, apyrase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-AU1 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | (3S)-3-HYDROXY-1-METHYL-2,3-DIHYDRO-1H-INDOLE-5,6-DIONE (AU1): AMPNP ADP ANALOG | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 100 MM HEPES/NAOH PH 7.3, 2% PEG6000, 3MM NAN3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→36.7 Å / Num. obs: 30057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2.05→19.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.92 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.044 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.71 Å
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拘束条件 |
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