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- PDB-4bp9: Oligopeptidase B from Trypanosoma brucei with covalently bound an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bp9
タイトルOligopeptidase B from Trypanosoma brucei with covalently bound antipain - closed form
要素
  • ANTIPAIN
  • OLIGOPEPTIDASSE B
キーワードHYDROLASE / PROLYL OLIGOPEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain ...: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antipain / : / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
ACTINOBACTERIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Canning, P. / Rea, D. / Morty, R. / Fulop, V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Trypanosoma Brucei Oligopeptidase B Broaden the Paradigm of Catalytic Regulation in Prolyl Oligopeptidase Family Enzymes.
著者: Canning, P. / Rea, D. / Morty, R.E. / Fulop, V.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Atomic model / Database references
改定 1.22014年6月18日Group: Atomic model
改定 1.32017年9月13日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.02019年5月15日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: database_PDB_caveat / diffrn_source ...database_PDB_caveat / diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OLIGOPEPTIDASSE B
B: OLIGOPEPTIDASSE B
C: OLIGOPEPTIDASSE B
D: OLIGOPEPTIDASSE B
E: OLIGOPEPTIDASSE B
F: OLIGOPEPTIDASSE B
G: ANTIPAIN
H: ANTIPAIN
I: ANTIPAIN
J: ANTIPAIN
K: ANTIPAIN
L: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,39012
ポリマ－488,39012
非ポリマー00
水6,197344
1
A: OLIGOPEPTIDASSE B
G: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: OLIGOPEPTIDASSE B
H: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: OLIGOPEPTIDASSE B
I: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: OLIGOPEPTIDASSE B
J: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: OLIGOPEPTIDASSE B
K: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: OLIGOPEPTIDASSE B
L: ANTIPAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3982
ポリマ－81,3982
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.800, 148.800, 268.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
OLIGOPEPTIDASSE B


分子量: 80790.688 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PRARE / 参照: UniProt: O76728, EC: 3.4.21.83
#2: タンパク質・ペプチド
ANTIPAIN


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 607.725 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOBACTERIA (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00664, Antipain
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ANTIPAIN HYDROCHLORIDE IS A REVERSIBLE INHIBITOR OF SERINE/CYSTEINE PROTEASES AND SOME TRYPSIN-LIKE ...ANTIPAIN HYDROCHLORIDE IS A REVERSIBLE INHIBITOR OF SERINE/CYSTEINE PROTEASES AND SOME TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEASES. ITS ACTION RESEMBLES LEUPEPTIN; HOWEVER, ITS PLASMIN INHIBITION IS LESS AND ITS CATHEPSIN A INHIBITION IS MORE THAN THAT OBSERVED WITH LEUPEPTIN. IT IS AN INHIBITOR OF TRYPSIN-LIKE PROTEASES (E.G. TRYPSIN, PAPAIN, CATHEPSIN B); CATHEPSIN A, A CARBOXYPEPTIDASE IS INHIBITED TOO, WHICH IS NOT TRUE FOR OTHER INHIBITORS FROM ACTINOMYCES.THE NAME IS DERIVED FROM ANTI-PAPAIN. GROUP: 1 NAME: ANTIPAIN CHAIN: G, H, I, J, K, L COMPONENT_1: PEPTIDE LIKE SEQUENCE RESIDUES 1 TO 4 DESCRIPTION: ANTIPAIN FORMS A COVALENT LINKAGE BETWEEN THE ARGINAL RESIDUE OF THE INHIBITOR AND SER RESIDUE OF THE PROTEIN.THE PROTEASE INHIBITOR ANTIPAIN INCREASES THE EFFECTIVENESSOF UV IRRADIATION ON CESSATION OF RESPIRATION AND CELL KILLING IN ESCHERICHIA COLI B/R CULTURES WITHOUT AFFECTING EXCISION OF PYRIMIDINE DIMERS. THE ACTIONS ARE SIMILAR TO THOSE CAUSED BY CYCLIC AMP IN IRRADIATED CULTURES.
非ポリマーの詳細ANTIPAIN: COVALENTLY BOUND TO THE CATALYTIC SER563

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: STARTING MODEL IS ALSO BEING CURRENTLY DEPOSITED
結晶化pH: 5
詳細: 10 % PEG 4000, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月27日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→59 Å / Num. obs: 127053 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→58.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 43.636 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28074 5162 4.1 %RANDOM
Rwork0.21333 ---
obs0.21609 121891 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20.69 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→58.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34062 0 0 344 34406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02234896
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.96647322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1154254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78823.2341614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.883155814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.51315276
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.25136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02126730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3921.521210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.774234344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.381313686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3024.512978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 379 -
Rwork0.292 8894 -
obs--96.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6990.6199-0.29262.1497-0.76312.55520.19580.12530.41750.36550.18410.5994-0.5691-0.5266-0.37990.41670.1220.15760.67170.06340.338110.59121.825223.942
20.79740.0510.03120.9615-0.14611.34160.0236-0.19810.06130.26440.04920.01670.05640.1057-0.07280.43450.01750.01650.5750.0290.161730.733106.19248.746
30.69790.2719-0.10351.3464-0.06081.23120.04310.01660.09670.10.02230.03330.1256-0.0731-0.06540.3974-0.01350.03020.56190.02240.223322.66109.662220.164
41.70730.8004-0.17872.2222-0.35741.73040.10910.19830.2519-0.0253-0.050.3722-0.5191-0.299-0.05910.50180.09260.06350.57050.06220.195830.349140.463194.085
50.60990.118-0.13440.66880.03052.06830.04520.1562-0.0498-0.0502-0.0286-0.03250.01130.7632-0.01660.2849-0.01710.04620.95-0.0040.195260.203124.79182.927
60.90620.33950.00040.6838-0.06981.56490.03180.04040.02810.01670.03460.0325-0.40140.2819-0.06650.5128-0.09160.04920.64350.00730.255143.72136.632204.797
72.94130.4731.50780.90720.17743.36260.07030.0353-0.5749-0.1498-0.2024-0.13140.7459-0.40660.13210.7079-0.0160.19930.7692-0.10790.31754.78542.353216.169
80.98810.2944-0.32790.6715-0.11561.82390.01950.30420.0102-0.1385-0.04360.0142-0.4683-0.53380.02410.81870.24830.05210.81940.02320.204160.38872.649198.305
90.83210.139-0.32560.51250.21341.78250.04490.2659-0.0686-0.1575-0.1292-0.0214-0.0504-0.64420.08430.6350.10060.06150.9659-0.04210.298648.14257.761221.194
103.64220.40761.24111.14040.1893.2490.0071-0.141-0.48210.1323-0.21490.11140.97230.09140.20780.6980.12450.23270.630.12110.293765.61742.517255.153
110.9444-0.0542-0.3010.986-0.19051.87140.0269-0.20010.02990.1758-0.07540.091-0.31450.2250.04850.5627-0.07240.04170.64740.01240.190160.02572.851272.847
120.61430.1707-0.53680.53190.08432.11110.0079-0.0999-0.07870-0.13510.00470.05550.3940.12720.55410.04110.10550.77660.10210.307472.29257.815250.051
131.27760.01-1.29050.9642-0.2896.05420.16140.16440.00610.13450.01180.3237-0.5452-1.9389-0.17320.36350.12840.00731.22150.05860.2785-3.07647.468159.115
141.1442-0.0342-1.04010.6682-0.06144.7127-0.2468-0.3082-0.12460.23480.0687-0.02711.01130.420.17810.79860.11130.09870.61690.05210.245316.47231.29183.978
151.02160.1705-1.11950.6808-0.21295.1965-0.25810.1592-0.09790.06560.06420.02010.8737-0.66510.19390.6198-0.15320.10860.6742-0.05240.26018.83335.157155.353
162.10890.1485-0.75942.5497-0.08124.80520.1890.4240.2735-0.0147-0.04710.2624-1.5659-0.5421-0.14190.88110.10660.0490.65640.04880.207217.43765.923129.643
170.5034-0.0053-0.23080.856-0.13634.5782-0.0072-0.015-0.0005-0.01820.0026-0.0323-0.19261.86570.00460.2921-0.16090.0551.4549-0.06060.257346.98349.452118.503
180.81710.0084-0.46840.6648-0.21584.41240.1334-0.05150.07050.08520.0178-0.057-1.17220.842-0.15120.7467-0.28020.06750.7807-0.04090.276330.62861.755140.349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 441
3X-RAY DIFFRACTION3A442 - 714
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 86
5X-RAY DIFFRACTION5B87 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6B442 - 714
7X-RAY DIFFRACTION7C5 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8C87 - 441
9X-RAY DIFFRACTION9C442 - 714
10X-RAY DIFFRACTION10D5 - 86
11X-RAY DIFFRACTION11D87 - 441
12X-RAY DIFFRACTION12D442 - 714
13X-RAY DIFFRACTION13E5 - 86
14X-RAY DIFFRACTION14E87 - 441
15X-RAY DIFFRACTION15E442 - 714
16X-RAY DIFFRACTION16F5 - 86
17X-RAY DIFFRACTION17F87 - 441
18X-RAY DIFFRACTION18F442 - 714

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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