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- PDB-4bop: Structure of OTUD1 OTU domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bop
タイトルStructure of OTUD1 OTU domain
要素OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K63-linked deubiquitination / protein deubiquitination / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity
類似検索 - 分子機能
Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / OTU domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. ...Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. / Freund, S.M.V. / Ovaa, H. / Komander, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Otu Deubiquitinases Reveal Mechanisms of Linkage Specificity and Enable Ubiquitin Chain Restriction Analysis.
著者: Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. / Freund, S.M.V. / Ovaa, H. / Komander, D.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7234
ポリマ－34,5332
非ポリマー1902
水2,648147
1
A: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子

A: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
B: OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,89116
ポリマ－138,1318
非ポリマー7608
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area25280 Å2
ΔGint-163.3 kcal/mol
Surface area43330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.240, 82.240, 103.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2071-

HOH

21A-2078-

HOH

31B-2064-

HOH

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要素

#1: タンパク質 OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / DUBA-7 / OTUD1


分子量: 17266.402 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 287-437 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLACI / 参照: UniProt: Q5VV17, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG 4K, 20% GLYCEROL, 0.09M NPS

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→51.97 Å / Num. obs: 20153 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 25.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→34.672 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 1029 5.1 %
Rwork0.1616 --
obs0.1636 20143 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.304 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7133 Å20 Å20 Å2
2--1.7133 Å20 Å2
3----3.4267 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 10 147 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0173394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.298892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.21090.24131440.21382733X-RAY DIFFRACTION100
2.2109-2.34930.23831410.18852727X-RAY DIFFRACTION100
2.3493-2.53070.23361600.16882709X-RAY DIFFRACTION100
2.5307-2.78530.19971570.16142730X-RAY DIFFRACTION100
2.7853-3.18810.23711450.14122730X-RAY DIFFRACTION100
3.1881-4.01570.16121430.12972741X-RAY DIFFRACTION100
4.0157-34.67690.18631390.17672744X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5653-0.190.23841.0299-0.32241.01730.00530.06360.1418-0.01720.0779-0.0804-0.31560.1032-0.06220.1642-0.04350.04810.13130.00130.147612.60718.071350.8482
21.06990.04620.56510.84360.11930.9571-0.01230.04590.09890.06120.0439-0.0931-0.10980.2083-0.05270.1374-0.0273-0.01760.1374-0.03840.133514.905316.20875.105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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