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- PDB-4boq: Structure of OTUD2 OTU domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4boq
タイトルStructure of OTUD2 OTU domain
要素UBIQUITIN THIOESTERASE OTU1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K33-linked deubiquitination / protein K29-linked deubiquitination / protein K27-linked deubiquitination / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein K11-linked deubiquitination / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity ...protein K33-linked deubiquitination / protein K29-linked deubiquitination / protein K27-linked deubiquitination / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein K11-linked deubiquitination / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / macroautophagy / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin thioesterase OTU1, C-terminal C2H2-type zinc finger / : / OTU1, UBXL domain / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type ...Ubiquitin thioesterase OTU1, C-terminal C2H2-type zinc finger / : / OTU1, UBXL domain / Cathepsin B; Chain A - #80 / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / Cathepsin B; Chain A / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin thioesterase OTU1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. ...Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. / Freund, S.M.V. / Ovaa, H. / Komander, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 2013
タイトル: Otu Deubiquitinases Reveal Mechanisms of Linkage Specificity and Enable Ubiquitin Chain Restriction Analysis.
著者: Mevissen, T.E.T. / Hospenthal, M.K. / Geurink, P.P. / Elliott, P.R. / Akutsu, M. / Arnaudo, N. / Ekkebus, R. / Kulathu, Y. / Wauer, T. / El Oualid, F. / Freund, S.M.V. / Ovaa, H. / Komander, D.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUITIN THIOESTERASE OTU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1015
ポリマ-20,7321
非ポリマー3684
2,342130
1
A: UBIQUITIN THIOESTERASE OTU1
ヘテロ分子

A: UBIQUITIN THIOESTERASE OTU1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,20110
ポリマ-41,4652
非ポリマー7378
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area5510 Å2
ΔGint-20.6 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.670, 60.670, 86.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2047-

HOH

21A-2060-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UBIQUITIN THIOESTERASE OTU1 / DUBA-8 / HIV-1-INDUCED PROTEASE 7 / HIN-7 / HSHIN7 / OTU DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / OTUD2


分子量: 20732.338 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 132-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLACI / 参照: UniProt: Q5VVQ6, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.8M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 0.1 M TRIS PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→33.32 Å / Num. obs: 30915 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.47→1.55 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BY4
解像度: 1.47→28.727 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 1554 5 %
Rwork0.1709 --
obs0.1721 30876 97.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.266 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4328 Å20 Å20 Å2
2--2.4328 Å20 Å2
3----4.8656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→28.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1390 0 24 130 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0652084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.83580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.147236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4701-1.51750.35411400.31242687X-RAY DIFFRACTION99
1.5175-1.57180.29711330.27192700X-RAY DIFFRACTION100
1.5718-1.63470.25671470.23252713X-RAY DIFFRACTION100
1.6347-1.70910.21551410.18712696X-RAY DIFFRACTION100
1.7091-1.79920.21261400.16982688X-RAY DIFFRACTION99
1.7992-1.91190.19581490.16132702X-RAY DIFFRACTION98
1.9119-2.05950.191420.15222646X-RAY DIFFRACTION97
2.0595-2.26660.19971690.15632625X-RAY DIFFRACTION97
2.2666-2.59440.19311450.15822646X-RAY DIFFRACTION96
2.5944-3.2680.17361440.1532658X-RAY DIFFRACTION95
3.268-28.73230.16611040.16782561X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52350.2346-0.84110.7218-0.0623.7130.0428-0.0532-0.09960.0531-0.1212-0.07040.16060.08980.11240.09560.0056-0.00780.07550.01760.11494.830244.445523.2121
20.6714-0.7129-0.45943.1287-2.23243.7510.09550.1843-0.0743-0.5684-0.2476-0.00490.3541-0.10410.07720.2560.0336-0.00890.1517-0.03260.1494.722745.5018-0.5157
30.7802-0.4332-0.31831.8299-0.14032.73240.110.12670.0665-0.219-0.06910.0342-0.223-0.2205-0.02970.12880.0499-0.00850.1048-0.00340.12250.978653.45438.1367
43.61573.0476-2.87583.27-2.13672.58370.1151-0.4186-0.08450.2516-0.1918-0.3125-0.32110.42430.05550.2284-0.023-0.0130.162-0.00710.175.270856.346425.8232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 135:169)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 170:191)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 192:291)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 292:309)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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