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- PDB-1p9n: Crystal structure of Escherichia coli MobB. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p9n
タイトルCrystal structure of Escherichia coli MobB.
要素Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Molybdopterin cofactor biosynthesis / MobB / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / GTP binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #120 / Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B (MobB) domain / : / Molybdopterin guanine dinucleotide synthesis protein B / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich ...N-terminal domain of TfIIb - #120 / Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B (MobB) domain / : / Molybdopterin guanine dinucleotide synthesis protein B / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adapter protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rangarajan, S.E. / Tocilj, A. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Molecules of Escherichia coli MobB assemble into densely packed hollow cylinders in a crystal lattice with 75% solvent content.
著者: Rangarajan, S.E. / Tocilj, A. / Li, Y. / Iannuzzi, P. / Matte, A. / Cygler, M.
履歴
登録2003年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
B: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4614
ポリマ－38,2682
非ポリマー1922
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.001, 239.001, 49.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B


分子量: 19134.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MobB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: P32125
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.68 M ammonium sulphate, 50 mM Malonic acid, 15 mM cetyl ammonium bromide, 10 mM MgCl2, 1 mM B-mercaptoethanol., pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.0 mg/mlprotein1drop
250 mMTris1droppH7.5
3200 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
55 %(v/v)glycerol1drop
61.68 Mammonium sulfate1reservoir
70.5 Mmalonic acid1reservoirpH4.5
815 mMacetyl ammonium bromide1reservoir
910 mM1reservoirMgCl2
101 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月22日 / 詳細: NULL
放射モノクロメーター: Silicone / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 40361 / Num. obs: 22303 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rsym value: 0.183
反射 シェル解像度: 2.61→2.7 Å / Rsym value: 0.693 / % possible all: 35.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 20053 / % possible obs: 98.5 % / Num. measured all: 241509 / Rmerge(I) obs: 0.183
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.5 % / Rmerge(I) obs: 0.716

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→30.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 1544 9.9 %RANDOM
Rwork0.275 ---
all0.315 20949 --
obs0.275 15664 74.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.1812 Å2 / ksol: 0.331851 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2542 0 10 55 2607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.542.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 126 10.4 %
Rwork0.333 1085 -
obs-1085 35.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 15665 / Num. reflection Rfree: 1545
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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