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- PDB-4bnc: Crystal structure of the DNA-binding domain of human ETV1 complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bnc
タイトルCrystal structure of the DNA-binding domain of human ETV1 complexed with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
  • HUMAN ETV1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peripheral nervous system neuron development / mechanosensory behavior / muscle organ development / axon guidance / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...peripheral nervous system neuron development / mechanosensory behavior / muscle organ development / axon guidance / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...PEA3-type ETS-domain transcription factor, N-terminal / PEA3 subfamily ETS-domain transcription factor N terminal domain / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ETS translocation variant 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Cooper, C.D.O. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / Froese, D.S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ets Domains of Transcription Factors Etv1, Etv4, Etv5 and Fev: Determinants of DNA Binding and Redox Regulation by Disulfide Bond Formation.
著者: Cooper, C.D.O. / Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Allerston, C.K. / Gileadi, O.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年7月3日ID: 4B06
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN ETV1
B: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5273
ポリマ－18,5273
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-14.9 kcal/mol
Surface area8020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.883, 64.883, 129.587
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 HUMAN ETV1


分子量: 12437.209 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P50549
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.87 % / 解説: NONE
結晶化詳細: SEMET PROTEIN/DNA WAS CRYSTALLISED IN 20%(W/V) PEG 3350 0.2M POTASSIUM CITRATE. NATIVE PROTEIN/DNA WAS CRYSTALLISED IN 28% LMW PEG SMEAR, 100MM TRIS, PH 8.5, 200MM NACL, 5% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→129.8 Å / Num. obs: 6594 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 127.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→58.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9586 / SU R Cruickshank DPI: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.508 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.266
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 310 4.7 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.207 6594 99.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 123.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9306 Å20 Å20 Å2
2---7.9306 Å20 Å2
3---15.8611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.899 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→58.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数734 404 0 0 1138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.061716HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d433SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes14HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes133HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1207HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion153SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1260SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.24 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 87 4.81 %
Rwork0.229 1722 -
all0.2296 1809 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.02112.4041-0.61072.3461-2.54299.0114-0.40730.3415-0.1994-0.90040.44050.0292-0.1799-0.727-0.0332-0.2842-0.04450.21950.3587-0.0334-0.297349.535561.1851.2881
215.353-4.3976-1.46656.8905-1.74613.9932-0.4325-0.8267-0.64860.12170.0463-0.54420.3295-0.47320.3862-0.6079-0.03920.18030.60790.1539-0.022448.569755.3966.636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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