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- PDB-4bmk: Serine Palmitoyltransferase K265A from S. paucimobilis with bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bmk
タイトルSerine Palmitoyltransferase K265A from S. paucimobilis with bound PLP- Myriocin Aldimine
要素SERINE PALMITOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX / TRANSFERASE / EXTERNAL ALDIMINE / INHIBITOR / SPHINGOLIPIDS / NATURAL PRODUCT / ANTIBIOTIC ISP-1
機能・相同性
機能・相同性情報


serine C-palmitoyltransferase / sphingolipid metabolic process / biosynthetic process / acyltransferase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Decarboxylated Myriocin / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine palmitoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wadsworth, J.M. / Clarke, D.J. / McMahon, S.A. / Beattie, A.E. / Lowther, J. / Dunn, T.M. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: The Chemical Basis of Serine Palmitoyltransferase Inhibition by Myriocin.
著者: Wadsworth, J.M. / Clarke, D.J. / Mcmahon, S.A. / Lowther, J.P. / Beattie, A.E. / Langridge-Smith, P.R.R. / Broughton, H.B. / Dunn, T.M. / Naismith, J.H. / Campopiano, D.J.
履歴
登録2013年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE
B: SERINE PALMITOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0818
ポリマ－94,6882
非ポリマー1,3946
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9800 Å2
ΔGint-60.3 kcal/mol
Surface area26920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.910, 98.710, 133.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 417 / Label seq-ID: 43 - 438

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 SERINE PALMITOYLTRANSFERASE


分子量: 47343.980 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93UV0, serine C-palmitoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-MYB / Decarboxylated Myriocin


分子量: 357.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H39NO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MISSING N-TERMINAL HIS TAG AND LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 32% PEG MME 2000, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→56.14 Å / Num. obs: 103044 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JG2

2jg2


解像度: 1.62→56.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.755 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21086 5148 5 %RANDOM
Rwork0.18886 ---
obs0.18998 97821 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→56.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5919 0 68 567 6554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9728271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.983313519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3815803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47623.755245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.542151008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2021537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22738 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 348 -
Rwork0.269 7239 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51310.031-0.08640.0873-0.13460.4242-0.0052-0.0066-0.0762-0.0194-0.0046-0.02710.0974-0.02110.00990.05880.009-0.00850.0136-0.00260.084716.5354-18.9354-41.0898
20.2256-0.05770.03610.1884-0.06070.20730.0349-0.01350.01140.0528-0.012-0.0014-0.0476-0.0043-0.02290.0726-0.0060.00080.0526-0.00370.028814.40916.3649-27.9495
30.2961-0.0781-0.07081.257-0.14620.4981-0.0055-0.0196-0.07720.04830.0318-0.01590.00660.0554-0.02620.0394-0.01610.00010.04570.00990.04387.8421-19.3792-25.1809
41.49770.0122.513311.4405-4.86386.3041-0.14250.08450.2783-0.4413-0.13350.4291-0.05440.20710.2760.0841-0.0314-0.05780.0513-0.02740.14323.768125.4752-29.5532
50.2405-0.1211-0.00620.1664-0.00750.22580.00780.0133-0.0066-0.0295-0.0094-0.02720.00160.01710.00170.05160.01250.00340.06120.00110.030823.80752.5362-51.9737
61.5853-1.1824-0.86973.34551.61550.86110.1934-0.07580.3114-0.47590.1011-0.5291-0.25750.0518-0.29450.21360.02450.08430.0232-0.01640.098320.735924.5559-60.7416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3A316 - 420
4X-RAY DIFFRACTION4B22 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5B39 - 315
6X-RAY DIFFRACTION6B316 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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