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- PDB-4bmd: Crystal structure of S.pombe Rad4 BRCT3,4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bmd
タイトルCrystal structure of S.pombe Rad4 BRCT3,4
要素S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
キーワードREPLICATION / TOPBP1 / BRCT / DNA DAMAGE CHECKPOINT
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle pole body / mitotic DNA damage checkpoint signaling / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / signaling adaptor activity / mitotic spindle / site of double-strand break / chromatin ...mitotic spindle pole body / mitotic DNA damage checkpoint signaling / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA replication initiation / signaling adaptor activity / mitotic spindle / site of double-strand break / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
twin BRCT domain / BRCT domain / BRCT domain, a BRCA1 C-terminus domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-M checkpoint control protein rad4
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Meng, Q. / Rappas, M. / Wardlaw, C.P. / Garcia, V. / Carr, A.M. / Oliver, A.W. / Du, L.L. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Phosphorylation-Dependent Assembly and Coordination of the DNA Damage Checkpoint Apparatus by Rad4(Topbp1.).
著者: Qu, M. / Rappas, M. / Wardlaw, C.P. / Garcia, V. / Ren, J.Y. / Day, M. / Carr, A.M. / Oliver, A.W. / Du, L.L. / Pearl, L.H.
履歴
登録2013年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9693
ポリマ－23,7381
非ポリマー2312
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.030, 93.030, 75.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 S-M CHECKPOINT CONTROL PROTEIN RAD4 / RAD4 / P74 / PROTEIN CUT5


分子量: 23738.248 Da / 分子数: 1 / 断片: BRCT3 AND BRCT4 DOMAINS, RESIDUES 291-494 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P32372
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
解説: BALBES SELECTED PDB ENTRY 2XNH AS THE BEST STARTING MODEL.
結晶化詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M NACL, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→55.05 Å / Num. obs: 13128 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.46 % / Biso Wilson estimate: 41.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.79 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XNH

2xnh


解像度: 2.5→55.048 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1202 4.9 %
Rwork0.1842 --
obs0.1859 13109 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.732 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.199 Å20 Å20 Å2
2--0.199 Å20 Å2
3----0.398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 13 144 1698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6672285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.301617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.60050.32821590.30652635X-RAY DIFFRACTION99
2.6005-2.71890.29011340.26352626X-RAY DIFFRACTION99
2.7189-2.86220.25581210.21142519X-RAY DIFFRACTION93
2.8622-3.04160.25571120.20142648X-RAY DIFFRACTION99
3.0416-3.27640.26151470.19272650X-RAY DIFFRACTION99
3.2764-3.6060.18751140.17162683X-RAY DIFFRACTION100
3.606-4.12770.20691430.15312535X-RAY DIFFRACTION96
4.1277-5.19980.16551400.14972502X-RAY DIFFRACTION94
5.1998-55.06120.20981320.18462327X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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