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- PDB-4bkc: Crystal Structure of a unusually linked dimeric variant of Bet v 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkc
タイトルCrystal Structure of a unusually linked dimeric variant of Bet v 1
要素MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
キーワードALLERGEN / DIMERISATION / POLYSULFIDE / SULFUR INCORPORATION
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related protein Bet v I family / Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major pollen allergen Bet v 1-A
類似検索 - 構成要素
生物種BETULA PENDULA (シダレカンバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Kofler, S.G. / Brandstetter, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Stabilization of the Dimeric Birch Pollen Allergen Bet V 1 Impacts its Immunological Properties
著者: Kofler, S.G. / Ackaert, C. / Samonig, M. / Asam, C. / Briza, P. / Horeis-Hoeck, J. / Cabrele, C. / Ferreira, F. / Duschl, A. / Huber, C. / Brandstetter, H.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 2.02019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_proc ...entity_poly / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A
B: MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9312
ポリマ－34,9312
非ポリマー00
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.880, 60.950, 59.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-A / ALLERGEN BET V I-A / BET V 1-A BET V 1


分子量: 17465.691 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH MONOMERS ARE LINKED VIA A POLYSULFIDE BRIDGE BETWEEN CYS5A AND CYS5B. DUE TO OCCUPANCY REASONS, THE MODIFIED CYSTEINE RESIDUES ARE INTRODUCED AS DISCRETE COMPOUNDS.
由来: (組換発現) BETULA PENDULA (シダレカンバ) / 組織: POLLEN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15494
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA ACETATE PH 6.5, 27 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8865
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8865 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→41.62 Å / Num. obs: 38874 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A88

4a88


解像度: 1.73→56.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.534 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THE LIGANDS INCLUDED IN THE STRUCTURE ARE CYSTEINES BOUND TO ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THE LIGANDS INCLUDED IN THE STRUCTURE ARE CYSTEINES BOUND TO ADDITIONAL CYSTEINES, AND ACCORDINGLY CYSTINE LINKED VIA 4 SULFUR ATOMS. THESE LIGANDS ARE POSITIONED AT THE SAME SITE AS CYS5 AND THEREFORE CAN BE CONSIDERED AS ALTERNATIVE CONFORMATIONS. THIS IS REFLECTED BY THE OCCUPANCIES OF THE ATOMS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24672 1424 5.1 %RANDOM
Rwork0.20124 ---
obs0.20355 26644 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å20.42 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→56.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 0 219 2689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022587
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9061.9753501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9775330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.68225.714112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6915445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.055156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4651.9282587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9712.8523500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.4232587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.054572
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.72652680
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 109 -
Rwork0.213 1887 -
obs--98.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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