PDB-4bjq: Crystal structure of E. coli penicillin binding protein 3, domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bjq

タイトル

Crystal structure of E. coli penicillin binding protein 3, domain V88- S165

要素

PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

キーワード

TRANSFERASE / TRANSPEPTIDASE

機能・相同性

DNA polymerase; domain 1 - #770 / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :

機能・相同性情報

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sauvage, E. / Joris, M. / Herman, R. / Kerff, F. / Rocaboy, M. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Penicillin-Binding Protein 3 (Pbp3) from Escherichia Coli.
著者: Sauvage, E. / Derouaux, A. / Fraipont, C. / Joris, M. / Herman, R. / Rocaboy, M. / Schloesser, M. / Dumas, J. / Kerff, F. / Nguyen-Disteche, M. / Charlier, P.

履歴

登録	2013年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bjq.cif.gz	266.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bjq.ent.gz	222 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bjq_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bjq_full_validation.pdf.gz	506.5 KB	表示
XML形式データ	4bjq_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	4bjq_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bjpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xo5-2 5l0i-d 2ygv-2 2v9s-4 3szm-2 3shv-1 7d7s-2 2pls-6 2ygv-3 7nq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

B: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

C: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

D: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

E: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

F: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

G: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

H: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ヘテロ分子

70.5 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

C: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

E: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
17.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

F: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

G: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

F: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

D: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

H: PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
17.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.048, 55.959, 82.285
Angle α, β, γ (deg.)	89.13, 76.49, 65.99
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PENICILLIN BINDING PROTEIN TRANSPEPTIDASE DOMAIN PROTEIN 分子量: 8703.047 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 88-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: J2XFH0, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.44 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9686
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38 Å / Num. obs: 45669 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 12.115 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26252	2309	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20823	-	-	-
obs	0.21099	43316	88.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.01 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4886	0	48	533	5467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.195	1.975	6809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.283	5	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.156	23.929	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.062	15	885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.569	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.525	1.5	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.014	2	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.614	3	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.714	4.5	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	194	-
R_work	0.307	3462	-
obs	-	-	95.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7194	-0.324	0.0014	0.9689	-0.2785	0.0997	0.0024	0.0212	0.0478	-0.0072	0.0163	0.0204	0.0166	0.0091	-0.0187	0.086	0.0105	0.0118	0.0755	-0.0302	0.0232	56.066	40.985	100.48
2	0.7024	-0.4791	-0.2969	1.0675	0.3076	0.2248	0.0165	-0.0098	0.0199	0.0171	0.0131	0.0515	0.0315	0.0089	-0.0296	0.0637	0.0167	0.0214	0.0979	-0.0031	0.0361	44.362	-18.941	51.377
3	1.2049	-0.6208	0.3472	0.6367	-0.5193	0.4935	-0.0533	-0.1311	-0.0716	-0.0618	0.0365	0.0348	0.0643	-0.0077	0.0167	0.0858	0.0106	0.0092	0.0575	-0.01	0.0501	65.987	28.888	108.657
4	0.8003	0.2808	-0.1029	0.4759	0.0911	0.3821	-0.085	0.0296	-0.0656	0.0104	0.034	0.0424	-0.0465	0.0036	0.0509	0.062	-0.0172	0.0307	0.0683	-0.0174	0.0394	30.758	18.237	95.982
5	0.2508	-0.0249	-0.1855	1.5049	0.724	0.5802	-0.0408	-0.0241	-0.0217	-0.1106	0.0121	-0.0794	-0.0341	0.0016	0.0288	0.0601	0.0223	0.025	0.1001	0.0046	0.0376	51.422	-33.306	42.945
6	0.854	0.3914	-0.4015	0.3355	-0.278	0.8565	0.0539	-0.0087	-0.0277	0.0026	-0.0446	-0.082	-0.0032	-0.0473	-0.0093	0.043	-0.0011	0.023	0.0939	0.0095	0.0476	18.752	-4.893	55.608
7	2.4798	0.7131	-0.4905	0.7053	-0.0357	0.3284	0.1267	-0.0614	-0.1209	0.0641	-0.1181	-0.007	0.025	-0.0715	-0.0086	0.0618	-0.0321	-0.0017	0.0964	0.0214	0.0211	61.742	-10.881	65.823
8	1.0825	1.1134	-0.5738	2.5549	-0.9541	0.6096	-0.1777	0.1125	-0.0729	-0.1415	0.1635	-0.2469	0.0405	-0.0291	0.0142	0.0656	-0.0571	0.0188	0.0885	-0.0157	0.0502	40.816	28.578	86.009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	88 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	88 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	88 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	88 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	88 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	88 - 165
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	88 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	88 - 164

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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