PDB-4bht: Structural Determinants of Cofactor Specificity and Domain Flexib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bht

タイトル

Structural Determinants of Cofactor Specificity and Domain Flexibility in Bacterial Glutamate Dehydrogenases

要素

NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase complex / glutamate dehydrogenase (NADP+) / glutamate metabolic process / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / guanosine tetraphosphate binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Oliveira, T. / Sharkey, M. / Engel, P. / Khan, A.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: Structure of Nadp(+) -Dependent Glutamate Dehydrogenase from Escherichia Coli: Reflections on the Basis of Coenzyme Specificity in the Family of Glutamate Dehydrogenases.
著者: Sharkey, M.A. / Oliveira, T.F. / Engel, P.C. / Khan, A.R.

履歴

登録	2013年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2013年6月19日	ID: 2YFG
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Atomic model / Other
改定 1.2	2013年7月24日	Group: Atomic model
改定 1.3	2013年8月7日	Group: Database references
改定 1.4	2013年9月11日	Group: Database references
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bht.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bht.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bht	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1bvgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fcc-2 3sbo-d 2tmg-d 4fcc-1 1euz-d 6yei-d 4fhn-3 6yeh-d 5xvi-d 1gtm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

B: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

C: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

D: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

E: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

F: NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

294 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.975, 152.861, 169.366
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP-SPECIFIC GLUTAMATE DEHYDROGENASE 分子量: 48635.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PTAC-85 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P00370, glutamate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 15-25% PEG 3350, 0.1M HEPES/TRIS PH 7-8, 0.2M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.9 Å / Num. obs: 91251 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BVG

1bvg

解像度: 2.5→46.9 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2268	4556	5 %
R_work	0.1592	-	-
obs	0.1626	91068	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20181	0	136	773	21090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	20752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.592	27978
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.745	7608
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	3685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.3185	158	0.2062	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5284-2.5582	0.3145	145	0.2037	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5582-2.5894	0.2867	140	0.1986	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5894-2.6221	0.2747	161	0.1915	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6221-2.6566	0.3075	164	0.1987	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-2.693	0.2776	157	0.1879	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7315	0.2662	151	0.1806	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.2729	167	0.1771	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8156	0.2663	146	0.1787	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8617	0.2797	149	0.1768	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9111	0.2352	160	0.1694	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.2526	183	0.1711	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.021	0.3098	144	0.175	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0826	0.2748	130	0.181	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0826-3.1497	0.2517	164	0.1798	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2229	0.2379	135	0.1704	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.3035	0.2729	161	0.1632	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3035-3.3928	0.2524	140	0.1653	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.4926	0.2643	157	0.167	2847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4926-3.6053	0.2123	147	0.1597	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7341	0.194	136	0.1499	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.8835	0.1896	154	0.1393	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8835-4.0602	0.1799	169	0.1281	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0602-4.2741	0.1795	158	0.1232	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2741-4.5417	0.1691	133	0.1258	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5417-4.892	0.1757	143	0.1235	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.892-5.3837	0.1887	154	0.1434	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3837-6.1612	0.2098	145	0.1603	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1612-7.7568	0.2193	151	0.1741	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7568-46.9081	0.2105	154	0.1723	3022	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6696	0.2518	-0.0388	0.2381	0.0225	0.3664	0.012	-0.0526	-0.114	0.047	0.0221	0.0455	0.1305	-0.0923	-0.0369	0.3621	-0.0034	0.013	0.294	0.0416	0.2756	-51.0049	-21.5784	26.5466
2	8.7502	0.6049	0.2779	5.685	-3.5808	8.3915	0.1353	-0.604	0.0197	0.6731	0.0635	0.0044	-0.6014	0.2114	-0.0999	0.4813	-0.0395	0.0492	0.3805	-0.0206	0.3539	-70.4988	-19.5458	46.9336
3	1.6573	0.7339	-1.3616	1.5409	-1.0193	2.4105	-0.0745	-0.1582	-0.2755	0.0684	0.0172	-0.1448	0.3765	-0.0254	0.0849	0.2714	-0.0458	-0.0611	0.293	0.0225	0.3129	-62.6348	-30.2678	25.4036
4	0.4051	0.403	0.0524	1.0005	0.1027	0.3431	0.0339	-0.0523	0.0852	0.1151	0.0263	-0.0424	-0.1354	0.0424	-0.0589	0.3481	0.018	0.0081	0.2553	-0.0213	0.2499	-23.9877	21.0205	27.4375
5	6.3724	-1.396	0.9327	4.9734	0.1859	5.4651	0.5681	-0.5318	-1.0088	1.4951	-0.2166	-0.0031	0.7824	-0.2619	-0.2478	0.9254	-0.1443	-0.1303	0.3141	0.0568	0.501	-5.3588	20.105	49.5491
6	0.6992	1.3994	1.4201	2.0106	1.5129	2.3091	-0.1097	-0.0462	0.1004	0.0163	-0.0686	-0.0711	-0.2679	-0.0582	0.2059	0.2844	-0.0245	0.051	0.2875	-0.0307	0.2731	-11.8294	29.7791	26.4451
7	0.7553	-0.1603	0.1777	0.1904	-0.1191	0.1722	-0	-0.0507	-0.1021	0.0875	0.0399	-0.063	0.1217	0.0172	-0.043	0.3634	0.0211	-0.0023	0.2393	-0.0148	0.2896	-15.9828	-19.5137	19.7353
8	4.4944	0.2704	4.1117	1.7644	0.1775	3.8689	0.1823	0.6111	-0.3622	-0.5131	-0.1093	0.0201	-0.1116	0.026	-0.0922	0.3359	0.0344	0.0159	0.3755	-0.0341	0.3548	5.0815	-29.5278	5.3841
9	1.4268	-1.5211	0.0109	2.6258	0.1412	0.4451	-0.1265	-0.1493	-0.0759	0.2677	0.119	0.0092	0.2192	0.1024	0.0203	0.2852	0.0071	-0.0237	0.2456	-0.0076	0.216	-2.437	-20.2086	24.687
10	0.7811	0.407	0.1176	0.7682	-0.5338	1.5221	0.0188	-0.0895	0.1813	0.1537	0.0885	0.2895	-0.2565	-0.2448	-0.1062	0.2763	0.0775	0.0408	0.2512	0.0358	0.3216	-54.8035	17.7751	19.5589
11	0.8161	-0.7671	0.8208	1.393	-0.5381	1.5176	0.0382	0.0268	0.3489	0.2211	0.2871	0.0175	-1.5314	-0.7907	0.0331	1.4421	0.6213	0.1968	0.7232	0.3872	0.4645	-79.4726	30.2794	11.91
12	1.7883	-0.9211	0.6136	1.5855	-0.5136	1.4353	-0.1059	-0.316	0.0217	0.4646	0.5598	0.6284	-1.0428	-0.769	-0.2781	0.6772	0.2324	0.2394	0.5591	0.2784	0.5911	-71.4379	13.2686	25.0671
13	1.0624	-0.2891	-0.147	1.4637	0.1491	0.6289	-0.0213	0.1962	-0.018	-0.3513	0.0081	0.1798	-0.0151	-0.1128	0.0108	0.3227	-0.0516	-0.0446	0.2931	0.0075	0.2101	-47.0945	-5.3868	-11.5528
14	2.8312	-0.0364	0.0265	5.7532	0.0979	4.8932	0.119	0.2802	-0.384	-0.571	-0.1315	0.0212	0.8782	-0.1317	-0.0025	0.4997	-0.0585	-0.1278	0.5155	-0.0152	0.367	-70.6644	-17.1161	-24.2077
15	0.9748	0.4077	0.5582	3.1993	-1.1508	2.9765	0.0379	0.0263	-0.0245	-0.0655	0.0866	0.3858	-0.0574	-0.5487	-0.1179	0.1711	0.0255	0.0204	0.3748	0.0301	0.3026	-65.7882	-0.9741	-7.9547
16	0.8724	-0.1566	-0.0505	1.3073	0.3233	0.5583	-0.0324	0.1965	0.0102	-0.332	0.0634	-0.0873	-0.043	0.0751	-0.0404	0.3359	-0.0641	0.0258	0.2569	0.0018	0.2092	-26.104	4.7416	-11.001
17	3.0869	-0.2673	-1.6022	4.7228	-0.6269	4.2563	0.2851	0.2917	0.3086	-0.7042	0.0392	-0.2084	-0.4745	-0.1205	-0.28	0.4405	-0.0674	0.0748	0.3825	-0.0072	0.3357	1.8819	17.7205	-18.1351
18	2.2905	1.4879	-1.5691	2.0477	-0.6424	2.7875	-0.1652	0.1624	-0.1874	-0.3666	0.1602	-0.2711	-0.0337	0.1143	-0.0046	0.242	-0.0001	-0.0286	0.2489	-0.0051	0.2397	-5.2624	0.6701	-7.5656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 6:269)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 270:302)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 303:447)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESID 6:269)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 270:302)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 303:447)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN C AND RESID 6:269)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN C AND RESID 270:293)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 294:447)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 6:226)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN D AND RESID 234:333)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 334:447)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN E AND RESID 6:211)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN E AND RESID 212:370)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN E AND RESID 371:447)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN F AND RESID 6:204)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN F AND RESID 205:356)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN F AND RESID 357:447)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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