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万見
- PDB-4bhn: Crystal Structures of Ask1-inhibitor Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bhn
タイトルCrystal Structures of Ask1-inhibitor Complexes
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURE BASED DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / p38MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BH9 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Singh, O. / Shillings, A. / Craggs, P. / Wall, I. / Rowland, P. / Skarzynski, T. / Hobbs, C.I. / Hardwick, P. / Tanner, R. / Blunt, M. ...Singh, O. / Shillings, A. / Craggs, P. / Wall, I. / Rowland, P. / Skarzynski, T. / Hobbs, C.I. / Hardwick, P. / Tanner, R. / Blunt, M. / Witty, D.R. / Smith, K.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Ask1-Inhibtor Complexes Provide a Platform for Structure Based Drug Design.
著者: Singh, O. / Shillings, A. / Craggs, P. / Wall, I. / Rowland, P. / Skarzynski, T. / Hobbs, C.I. / Hardwick, P. / Tanner, R. / Blunt, M. / Witty, D.R. / Smith, K.J.
履歴
登録2013年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5
B: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9406
ポリマ－75,0372
非ポリマー9034
水3,891216
1
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9703
ポリマ－37,5181
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9703
ポリマ－37,5181
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.493, 77.493, 423.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 5 / ASK1 / APOPTOSIS SIGNAL-REGULATING KINASE 1 / ASK-1 / MAPK/ERK KINASE KINASE 5 / MEK KINASE 5 / MEKK 5


分子量: 37518.453 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 660-977 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-BH9 / 4-tert-butyl-N-[6-(1H-pyrazol-4-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl]benzamide


分子量: 359.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 18% PEG3.4K, 0.2M NA ACETATE, 0.1M BIS-TRIS BUFFER PH6.5, 0.2% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 33093 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 15.3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 51.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CLQ

2clq


解像度: 2.3→31.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9054 / SU R Cruickshank DPI: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.257 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1351 4.08 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.1972 33093 94.57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4817 Å20 Å20 Å2
2--0.4817 Å20 Å2
3----0.9633 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.288 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4004 0 66 216 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.195633HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1421SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes105HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes609HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion526SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5028SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3068 91 3.44 %
Rwork0.2287 2554 -
all0.2314 2645 -
obs--94.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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