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- PDB-4bh6: Insights into degron recognition by APC coactivators from the str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bh6
タイトルInsights into degron recognition by APC coactivators from the structure of an Acm1-Cdh1 complex
要素
  • APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
  • APC/C-CDH1 MODULATOR 1
キーワードCELL CYCLE / ANAPHASE PROMOTING COMPLEX / ACM1 / UBIQUITINATION / D BOX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / ubiquitin ligase activator activity ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cyclin binding / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cell cycle / cell division / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2450 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2450 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Helix non-globular / Special / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
APC/C activator protein CDH1 / APC/C-CDH1 modulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者He, J. / Chao, W.C.H. / Zhang, Z. / Yang, J. / Cronin, N. / Barford, D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Insights Into Degron Recognition by Apc/C Coactivators from the Structure of an Acm1-Cdh1 Complex.
著者: He, J. / Chao, W.C. / Zhang, Z. / Yang, J. / Cronin, N. / Barford, D.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
B: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
C: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
D: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
E: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
F: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
G: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
H: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
I: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
J: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
K: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
L: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
M: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
N: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
O: APC/C-CDH1 MODULATOR 1
P: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,30016
ポリマ－339,30016
非ポリマー00
水50428
1
D: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
L: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area15450 Å2
手法PISA
2
H: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
P: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
3
A: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
I: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-13.4 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
4
C: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
K: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-13.5 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
5
B: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
J: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-12.5 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
6
E: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
N: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area15700 Å2
手法PISA
7
F: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
M: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-9.7 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
8
G: APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1
O: APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4122
ポリマ－42,4122
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-11.4 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.431, 188.142, 93.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
12I
22J
32K
42L
13M
23N
33O
43P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A248 - 546
2111B248 - 546
3111C248 - 546
4111D248 - 546
5111E248 - 546
6111F248 - 546
7111G248 - 546
8111H248 - 546
1121I60 - 111
2121J60 - 111
3121K60 - 111
4121L60 - 111
1131M62 - 79
2131N62 - 70
3131O62 - 79
4131P62 - 79

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.998632, 0.013169, 0.050598), (-0.011458, 0.999357, -0.033962), (-0.051013, 0.033336, 0.998141)103.13516, -4.5987, 42.86938
3given(-0.496111, -0.12322, -0.859471), (0.147622, -0.987437, 0.056355), (-0.855618, -0.098919, 0.508068)3.03378, 9.75679, 3.37357
4given(-0.473363, -0.131345, -0.87102), (0.104531, -0.99021, 0.09251), (-0.874643, -0.047258, 0.482458)-86.19245, 25.83005, -61.10667
5given(-0.62529, 0.74494, -0.232545), (-0.778044, -0.61819, 0.111755), (-0.060506, 0.25081, 0.966144)-12.65025, -15.59597, 11.87326
6given(0.563088, -0.698928, 0.440944), (0.29615, 0.6688, 0.68191), (-0.77151, -0.25339, 0.583581)-5.02476, -25.18367, 15.73205
7given(-0.568825, 0.762201, -0.309013), (-0.812253, -0.579612, 0.065527), (-0.129163, 0.28827, 0.948798)-85.48651, -93.51279, 44.11447
8given(0.531323, -0.675022, 0.511899), (0.236734, 0.698479, 0.67534), (-0.81342, -0.23764, 0.530919)72.60971, 31.23273, -39.08913
9given(1), (1), (1)
10given(0.998241, -0.003186, 0.059199), (0.005263, 0.999375, -0.03496), (-0.059051, 0.03521, 0.997634)103.17595, -2.55977, 41.88637
11given(-0.478434, -0.124859, -0.869201), (0.111311, -0.990478, 0.081012), (-0.87104, -0.057993, 0.487777)2.30074, 10.98607, 2.52715
12given(-0.44945, -0.139526, -0.882342), (0.07325, -0.990157, 0.119263), (-0.890297, -0.011028, 0.455247)-84.85048, 24.93556, -64.60947
13given(1), (1), (1)
14given(-0.493656, 0.041288, -0.868677), (-0.070262, -0.9975, -0.007482), (-0.866814, 0.057341, 0.495323)-0.32589, 12.07526, 0.25034
15given(-0.43458, 0.033238, -0.90002), (-0.117133, -0.992917, 0.01989), (-0.892984, 0.114066, 0.435395)-86.61104, 2.85321, -68.25789
16given(0.994951, -0.000963, 0.100359), (0.010256, 0.995695, -0.092126), (-0.099838, 0.09269, 0.990677)104.53623, -5.46042, 37.52433

-
要素

#1: タンパク質
APC/C ACTIVATOR PROTEIN CDH1 / CDH1 / CDC20 HOMOLOG 1 / HOMOLOG OF CDC TWENTY 1


分子量: 34273.637 Da / 分子数: 8 / 断片: WD40 DOMAIN, RESIDUES 241-548 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53197
#2: タンパク質
APC/C-CDH1 MODULATOR 1


分子量: 8138.838 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 59-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PHOSPORYLATED AT SER 102
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08981
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PHOSPHOSERINE (SEP): SPONTANEOUSLY PHOSPHORYLATED IN INSECT CELL SYSTEM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: PEG, pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→93.4 Å / Num. obs: 72799 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AEZ

4aez


解像度: 2.9→69.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 42.382 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25725 3671 5 %RANDOM
Rwork0.21882 ---
obs0.22075 69120 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å2-0.18 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→69.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21463 0 0 28 21491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01921932
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.92829819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.55852734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76924.1381015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.174153563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.43415126
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.23352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02116628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23028.26
12B23025.98
13C23026.02
14D23025.72
15E23025.17
16F23025.09
17G230211.95
18H23029.39
21I4107.31
22J4106.46
23K4105.87
24L4105.92
31M12035.49
32N12018.01
33O12035.38
34P12088.37
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 270 -
Rwork0.315 5222 -
obs--97.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4707-0.0323-0.17492.62490.50082.1317-0.04150.0481-0.2277-0.1216-0.13320.22320.2447-0.43390.17470.0477-0.0558-0.01350.29-0.10420.1901-29.435-15.027-18.755
21.1234-0.1880.25412.43151.07451.8387-0.1513-0.0647-0.4124-0.013-0.17610.18670.0455-0.37870.32740.06980.0664-0.01450.2737-0.20660.5102-129.069-14.173-67.834
32.16420.12381.08471.8838-0.18751.81660.0269-0.30150.35940.0855-0.0236-0.0461-0.1754-0.2151-0.00330.1856-0.05190.0790.1554-0.04470.119531.45630.69115.171
42.45040.0781.20451.97130.06193.15850.0617-0.23780.40810.244-0.03410.29680.1-0.4497-0.02760.25450.01490.11470.17490.07550.2361-68.13230.991-32.825
53.89940.4421.03780.6930.54874.76440.31710.5575-0.6116-0.01130.1427-0.12680.53950.9306-0.45980.16670.1846-0.08340.3589-0.18210.151811.889-20.408-25.814
63.05540.02151.14272.4783-0.1592.68910.11690.53740.3966-0.593-0.17860.12020.14020.13290.06170.23350.02110.01010.27540.18020.183915.98132.545-23.985
71.8241-0.4406-0.74460.84180.19721.90670.10830.035-0.09590.0611-0.0281-0.3403-0.04280.3964-0.08020.1087-0.0559-0.05770.1966-0.07720.3235-87.581-20.799-71.947
81.76810.75220.18996.5166-3.03936.75540.06990.51720.6121-1.35071.04611.77090.798-1.0375-1.11610.3395-0.2394-0.37270.60740.57370.7172-81.33331.539-72.822
93.08891.42831.23031.09270.7451.0745-0.2460.2152-0.0301-0.14650.02350.04460.01940.1110.22250.2059-0.03350.03170.2124-0.06040.2459-12.866-15.167-27.027
104.44951.54741.39763.65091.33941.7992-0.12280.408-0.3207-0.54910.0747-0.13-0.29930.12340.0480.20670.06140.08030.1513-0.11120.5359-116.466-22.051-77.564
112.23471.01761.32451.90120.92511.28280.09440.17150.4394-0.1012-0.14720.0978-0.1509-0.05870.05270.3095-0.02130.11860.16840.0840.199929.7329.71-3.49
121.8341-0.70020.57711.0733-0.21781.3596-0.03240.24060.166-0.2808-0.0660.26110.1068-0.07250.09850.4646-0.0961-0.01190.25380.19930.3757-69.06329.402-51.202
133.83586.80651.049112.25641.980.3767-1.37971.0888-0.8351-2.89551.5315-1.382-0.5742-0.0512-0.15182.13950.20510.14542.0213-0.14390.503122.25721.959-45.919
1413.51747.8351-2.79095.44570.9878.1018-0.76450.56670.3907-0.84331.14490.0808-0.90142.0216-0.38030.2884-0.15060.1071.909-0.32740.300629.162-12.376-42.358
1512.074310.38910.62638.95170.54350.0461-0.40970.5729-0.7081-0.38710.4877-0.731-0.12090.0251-0.07790.74550.04880.33411.55570.04241.2201-68.581-13.15-87.493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A245 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2B245 - 548
3X-RAY DIFFRACTION3C245 - 548
4X-RAY DIFFRACTION4D244 - 548
5X-RAY DIFFRACTION5E246 - 548
6X-RAY DIFFRACTION6F245 - 548
7X-RAY DIFFRACTION7G245 - 547
8X-RAY DIFFRACTION8H248 - 546
9X-RAY DIFFRACTION9I60 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10J60 - 125
11X-RAY DIFFRACTION11K60 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12L60 - 111
13X-RAY DIFFRACTION13M60 - 80
14X-RAY DIFFRACTION14N60 - 79
15X-RAY DIFFRACTION15O60 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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