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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4aez | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Mitotic Checkpoint Complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / KEN-BOX / D-BOX / APC/C | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmeiosis I spindle assembly checkpoint signaling / metaphase/anaphase transition of meiosis II / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / meiotic spindle assembly checkpoint signaling ...meiosis I spindle assembly checkpoint signaling / metaphase/anaphase transition of meiosis II / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / metaphase/anaphase transition of meiosis I / mitotic checkpoint complex / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole body / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic spindle microtubule / anaphase-promoting complex binding / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin ligase activator activity / cell division site / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin ligase inhibitor activity / nuclear periphery / kinetochore / mitotic spindle / cell division / chromatin / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Kulkarni, K.A. / Chao, W.C.H. / Zhang, Z. / Barford, D. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012Title: Structure of the Mitotic Checkpoint Complex Authors: Chao, W.C.H. / Kulkarni, K.A. / Zhang, Z. / Kong, E.H. / Barford, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4aez.cif.gz | 844.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4aez.ent.gz | 704.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4aez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4aez_validation.pdf.gz | 512.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4aez_full_validation.pdf.gz | 573.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4aez_validation.xml.gz | 77.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4aez_validation.cif.gz | 106.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/4aez | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 43980.910 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 88-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: PFBDM / Cell line (production host): High Five / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: P78972#2: Protein | Mass: 23482.852 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: PFBDM / Cell line (production host): High Five / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: O14417#3: Protein | Mass: 26377.539 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 1-233 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: PFBDM / Cell line (production host): High Five / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: O59767#4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 12 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 133 TO ALA ...ENGINEERED | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.04 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.8 Details: CRYSTALS WERE OBTAINED IN A HANGING-DROP FASHION BY PRE-INCUBATING 1:1 V/V OF 4.5 MG/ML OF PROTEIN WITH THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, 100 MM TRIS-HCL PH 8.8, 21% PEG 3350, 30% ETHYLENE ...Details: CRYSTALS WERE OBTAINED IN A HANGING-DROP FASHION BY PRE-INCUBATING 1:1 V/V OF 4.5 MG/ML OF PROTEIN WITH THE CRYSTALLIZATION SOLUTION, 100 MM TRIS-HCL PH 8.8, 21% PEG 3350, 30% ETHYLENE GLYCOL, 5 MM DTT, AND 5 MM EDTA AT 20 OC FOR 24 HOURS, FOLLOWED BY STREAK SEEDING. |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 |
| Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Feb 14, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→62.96 Å / Num. obs: 110660 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRIES 2VFX, 2WVI, 3EMH Resolution: 2.3→62.957 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.6 / Stereochemistry target values: ML Details: DISORDERED REGIONS HAVE BEEN OMITTED IN THE REFINEMENT.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.44 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 60.41 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→62.957 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Citation










PDBj




TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper)
