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- PDB-4bh6: Insights into degron recognition by APC coactivators from the str... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bh6 | ||||||
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Title | Insights into degron recognition by APC coactivators from the structure of an Acm1-Cdh1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE / ANAPHASE PROMOTING COMPLEX / ACM1 / UBIQUITINATION / D BOX | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / ubiquitin ligase activator activity ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / anaphase-promoting complex binding / ubiquitin ligase activator activity / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cyclin binding / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / cell cycle / cell division / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | He, J. / Chao, W.C.H. / Zhang, Z. / Yang, J. / Cronin, N. / Barford, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Insights Into Degron Recognition by Apc/C Coactivators from the Structure of an Acm1-Cdh1 Complex. Authors: He, J. / Chao, W.C. / Zhang, Z. / Yang, J. / Cronin, N. / Barford, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 900.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 549.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 607.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 95.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 126.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4aezS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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8 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 34273.637 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: WD40 DOMAIN, RESIDUES 241-548 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Cell line (production host): SF9 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 8138.838 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: RESIDUES 59-128 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PHOSPORYLATED AT SER 102 Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Cell line (production host): SF9 / Production host: ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | PHOSPHOSER | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 58 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6 / Details: PEG, pH 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→93.4 Å / Num. obs: 72799 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4AEZ Resolution: 2.9→69.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 42.382 / SU ML: 0.351 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.477 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→69.27 Å
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Refine LS restraints |
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