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- PDB-4bgd: Crystal structure of Brr2 in complex with the Jab1/MPN domain of Prp8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgd
タイトルCrystal structure of Brr2 in complex with the Jab1/MPN domain of Prp8
要素(PRE-MRNA-SPLICING ...) x 2
キーワードTRANSCRIPTION / SPLICEOSOME / RNA HELICASE / U5 SNRNP / RETINITIS PIGMENTOSA
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly ...spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain ...Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / C2 domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / DNA polymerase; domain 1 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nguyen, T.H.D. / Li, J. / Nagai, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of Brr2-Prp8 Interactions and Implications for U5 Snrnp Biogenesis and the Spliceosome Active Site
著者: Nguyen, T.H.D. / Li, J. / Galej, W.P. / Oshikane, H. / Newman, A.J. / Nagai, K.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRE-MRNA-SPLICING HELICASE BRR2
C: PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,7605
ポリマ－223,9102
非ポリマー8503
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area83910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.640, 178.640, 180.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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PRE-MRNA-SPLICING ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 PRE-MRNA-SPLICING HELICASE BRR2 / PROTEIN SNU246


分子量: 195729.453 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 442-2163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#2: タンパク質 PRE-MRNA-SPLICING FACTOR 8 / PRP8 / JAB1/MPN


分子量: 28180.924 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2148-2395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334

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非ポリマー , 4種, 18分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
解説: THE TWO KNOWN FRAGMENTS COULD ALSO BE FOUND BY MOLECULAR REPLACEMENT, BUT IT WAS NOT SUFFICIENT FOR STRUCTURE DETERMINATION. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY SIRAS.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100 MM HEPESNA PH 7.5, 200 MM MGCL2, 32-40% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→92.2 Å / Num. obs: 63788 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: PDB ENTRIES 3HIB AND 2OG4

3hib

2og4


解像度: 3.1→92.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 19.956 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26993 3206 5 %RANDOM
Rwork0.21373 ---
obs0.21664 60299 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 121.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.73 Å20 Å20 Å2
2---7.84 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→92.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15663 0 55 15 15733
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01916074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.96521795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.798335451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.08551954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91924.77740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.349152848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7291574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.22457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.54911.8747819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.54811.8747818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.73917.8089769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.78212.4698255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 231 -
Rwork0.306 4224 -
obs--95.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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