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Yorodumi- PDB-4kit: Crystal structure of human Brr2 in complex with the Prp8 Jab1/MPN... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kit | ||||||
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Title | Crystal structure of human Brr2 in complex with the Prp8 Jab1/MPN domain | ||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / RecA domain / winged helix domain / Sec63 unit / Jab1/MPN domain / Pre-mRNA splicing / ATP binding / RNA binding / ubiquitin binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.598 Å | ||||||
Authors | Wahl, M.C. / Wandersleben, T. / Santos, K.F. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2013 Title: Inhibition of RNA helicase Brr2 by the C-terminal tail of the spliceosomal protein Prp8. Authors: Mozaffari-Jovin, S. / Wandersleben, T. / Santos, K.F. / Will, C.L. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kit.cif.gz | 840.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kit.ent.gz | 697.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kit.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kit_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kit_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4kit_validation.xml.gz | 71.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4kit_validation.cif.gz | 95.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/4kit | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 198785.797 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: helicase region (UNP residues 395-2129) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: O75643, RNA helicase | ||
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#2: Protein | Mass: 31860.984 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Jab1/MPN domain (UNP residues 2064-2335) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PRPF8, PRPC8 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q6P2Q9 | ||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.3 Å3/Da / Density % sol: 80.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.9 Details: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.9, 0.2 M magnesium chloride, 12% ethanol, Silver Bullets Bio condition 91 (Hampton Research) as additive, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jan 19, 2012 |
Radiation | Monochromator: sagitally focused Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.598→50 Å / Num. all: 68276 / Num. obs: 68276 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.598→3.8 Å / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.725 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 4F91 AND 2OG4 Resolution: 3.598→49.204 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / Phase error: 22.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.598→49.204 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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