[日本語] English
万見
- PDB-4bbj: Copper-transporting PIB-ATPase in complex with beryllium fluoride... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbj
タイトルCopper-transporting PIB-ATPase in complex with beryllium fluoride representing the E2P state
要素COPPER EFFLUX ATPASE
キーワードHYDROLASE / CATION TRANSPORT PROTEINS / CELL MEMBRANE / HEPATOLENTICULAR DEGENERATION / MENKES DISEASE / WILSON DISEASE / SARCOPLASMIC RETICULUM CALCIUM-TRANSPORTING ATPASES / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type divalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / copper ion export / intracellular copper ion homeostasis / copper ion binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal binding domain / Heavy metal binding domain / P-type ATPase, subfamily IB / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPase / HAD superfamily/HAD-like / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHOCHOLINE / Copper-exporting P-type ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA SUBSP. PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Mattle, D. / Gourdon, P. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Copper-Transporting P-Type Atpases Use a Unique Ion-Release Pathway
著者: Andersson, M. / Mattle, D. / Sitsel, O. / Klymchuk, T. / Nielsen, A. / Moller, L.B. / White, S.H. / Nissen, P. / Gourdon, P.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Structure summary
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COPPER EFFLUX ATPASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8075
ポリマ－78,3961
非ポリマー1,4114
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)242.010, 71.370, 72.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 COPPER EFFLUX ATPASE


分子量: 78395.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA SUBSP. PNEUMOPHILA (バクテリア)
株: PHILADELPHIA / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: Q5ZWR1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

-
非ポリマー , 5種, 62分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CE1 / O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL / THESIT / オクタエチレングリコ-ルモノドデシルエ-テル


分子量: 538.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O9
#5: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.2 Å / Num. obs: 32589 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 63.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 21.27
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RFU

3rfu


解像度: 2.75→48.172 Å / SU ML: 1.07 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 2264 7.3 %
Rwork0.1987 --
obs0.2023 30867 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.05 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.014 Å20 Å2-7.2601 Å2
2--16.1624 Å20 Å2
3----6.1484 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4945 0 93 58 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015128
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2346967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.641880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.80980.46471160.40521718X-RAY DIFFRACTION93
2.8098-2.87520.37751340.36571722X-RAY DIFFRACTION94
2.8752-2.94710.41440.34951721X-RAY DIFFRACTION95
2.9471-3.02670.43221380.33141734X-RAY DIFFRACTION95
3.0267-3.11580.39781440.32911771X-RAY DIFFRACTION96
3.1158-3.21630.38121390.28761768X-RAY DIFFRACTION97
3.2163-3.33130.37581400.2591771X-RAY DIFFRACTION97
3.3313-3.46460.26811440.22441804X-RAY DIFFRACTION97
3.4646-3.62220.22671450.19211808X-RAY DIFFRACTION98
3.6222-3.81310.25141450.18371803X-RAY DIFFRACTION98
3.8131-4.05190.23471430.1751797X-RAY DIFFRACTION98
4.0519-4.36460.21021440.16031802X-RAY DIFFRACTION98
4.3646-4.80340.20631480.14541850X-RAY DIFFRACTION99
4.8034-5.49770.18991460.14581821X-RAY DIFFRACTION98
5.4977-6.92320.2151440.18881830X-RAY DIFFRACTION98
6.9232-48.17930.17161500.16041883X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52740.45-0.24766.71310.41537.9710.2291-0.05690.7133-0.2219-0.20220.0617-0.0610.0341-0.12340.2278-0.10050.02250.13210.06730.373649.6852-16.100528.8016
21.69560.93861.34371.70980.07663.2677-0.1628-0.19660.40460.25590.0577-0.0275-0.2606-0.18920.11910.19250.01580.05360.1729-0.03720.329945.1408-19.583438.68
34.8188-0.83771.19982.88341.09823.2106-0.18930.13670.7717-0.2515-0.0378-0.0547-0.4682-0.36920.22150.2919-0.00050.09340.4090.0930.3387-5.2479-16.504623.1698
44.70750.77942.94630.52940.42412.42260.161-0.2031-0.27980.0922-0.0150.07240.1913-0.3527-0.16160.2798-0.01360.07680.37610.02570.26976.3703-37.534319.2906
53.80790.33960.81860.34380.09670.9820.1356-0.0179-0.10140.1910.0107-0.03550.1287-0.2042-0.15270.30290.01190.00880.2730.04550.298622.3227-37.837229.9086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 73:109)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 110:225)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 226:334)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 335:560)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 561:736)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る