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万見
- PDB-4bb5: Free-Wilson and Structural Approaches to Co-optimising Human and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bb5
タイトルFree-Wilson and Structural Approaches to Co-optimising Human and Rodent Isoform Potency for 11b-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 11b-HSD1 Inhibitors
要素CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HD2 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goldberg, F.W. / Leach, A.G. / Scott, J.S. / Snelson, W.L. / Groombridge, S.D. / Donald, C.S. / Bennett, S.N.L. / Bodin, C. / Morentin Gutierrez, P. / Gyte, A.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Free-Wilson and Structural Approaches to Co-Optimising Human and Rodent Isoform Potency for 11Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 (11Beta-Hsd1) Inhibitors
著者: Goldberg, F.W. / Leach, A.G. / Scott, J.S. / Snelson, W.L. / Groombridge, S.D. / Donald, C.S. / Bennett, S.N.L. / Bodin, C. / Morentin Gutierrez, P. / Gyte, A.C.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references / Refinement description
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
B: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
C: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
D: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,40312
ポリマ－129,7234
非ポリマー4,6808
水5,621312
1
A: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
B: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2026
ポリマ－64,8622
非ポリマー2,3404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-56.2 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
C: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
D: CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2026
ポリマ－64,8622
非ポリマー2,3404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-49.2 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.781, 132.482, 154.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.661, -0.042, 0.75), (-0.044, -0.995, -0.095), (0.75, -0.096, 0.655)45.85834, -8.10008, -21.26853
2given(1, 0.022, -0.013), (0.02, -0.989, -0.149), (-0.016, 0.148, -0.989)-17.43429, -2.66651, -98.71673
3given(-0.663, -0.083, 0.744), (-0.069, 0.996, 0.05), (-0.745, -0.018, -0.667)28.60017, 10.33007, -79.23773

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要素

#1: タンパク質
CORTICOSTEROID 11-BETA-DEHYDROGENASE ISOZYME 1 / 11B-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 / BHSD / 11-BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE 1 / 11-DH / 11-BETA-HSD1


分子量: 32430.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-HD2 / 4-cyclopentyl-N-[(1S,3R)-5-oxidanyl-2-adamantyl]-2-[[(3S)-oxolan-3-yl]amino]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 426.552 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H34N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.09 Å / Num. obs: 59410 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 23.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9034 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
詳細: NUMBER OF LIBRARIES USED: 9 REFINEMENT NOTE 1: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. NCS REPRESENTATION: RESTRAINT LSSR (- AUTONCS)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2204 2607 5.04 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1843 51750 99.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7998 Å20 Å20 Å2
2--0.206 Å20 Å2
3---2.5937 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.242 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8013 0 316 312 8641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018496HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1511524HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2903SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes185HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1269HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1134SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10490SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 165 4.43 %
Rwork0.2295 3559 -
all0.2302 3724 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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