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- PDB-3g49: N-(Pyridin-2-yl) Arylsulfonamide Inhibitors of 11b-Hydroxysteroid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g49
タイトルN-(Pyridin-2-yl) Arylsulfonamide Inhibitors of 11b-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1: Discovery of PF-915275
要素11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / inhibited / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Lipid metabolism / Membrane / NADP / Oxidoreductase / Signal-anchor / Steroid metabolism / Transmembrane / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cortisol dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / steroid catabolic process / steroid binding / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3G4 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Cavia porcellus (哺乳類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pauly, T.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: N-(Pyridin-2-yl) arylsulfonamide inhibitors of 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1: Discovery of PF-915275.
著者: Siu, M. / Johnson, T.O. / Wang, Y. / Nair, S.K. / Taylor, W.D. / Cripps, S.J. / Matthews, J.J. / Edwards, M.P. / Pauly, T.A. / Ermolieff, J. / Castro, A. / Hosea, N.A. / LaPaglia, A. / Fanjul, A.N. / Vogel, J.E.
履歴
登録2009年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,56710
ポリマ－121,8014
非ポリマー3,7656
水3,027168
1
A: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
B: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7835
ポリマ－60,9012
非ポリマー1,8833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
2
C: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
D: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7835
ポリマ－60,9012
非ポリマー1,8833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.207, 83.599, 179.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-HSD1 / 11-DH


分子量: 30450.328 Da / 分子数: 4 / 断片: Lumenal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: HSD11B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6QLL4, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-3G4 / 2-(6-{[(3-chloro-2-methylphenyl)sulfonyl]amino}pyridin-2-yl)-N,N-diethylacetamide


分子量: 395.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22ClN3O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38125 / % possible obs: 91.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CNS精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→41.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 7.566 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.028 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22518 1958 5.1 %RANDOM
Rwork0.18899 ---
obs0.19087 36124 91.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8068 0 244 168 8480
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0228490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.931.98411508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2532.9918160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.02951048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.21306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.029302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.22147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.29401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1050.24934
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2021.55208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07228340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.50933282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4554.53168
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 86
Rwork0.202 1912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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