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万見
- PDB-4bb2: Crystal structure of cleaved corticosteroid-binding globulin in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bb2
タイトルCrystal structure of cleaved corticosteroid-binding globulin in complex with progesterone
要素(CORTICOSTEROID-BINDING ...) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SERPINS / STEROID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucocorticoid biosynthesis / glucocorticoid metabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / PROGESTERONE / Corticosteroid-binding globulin
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Gardill, B.R. / Vogl, M.R. / Lin, H. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Corticosteroid-Binding Globulin: Structure-Function Implications from Species Differences
著者: Gardill, B.R. / Vogl, M.R. / Lin, H. / Hammond, G.L. / Muller, Y.A.
履歴
登録2012年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
B: CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3329
ポリマ－41,5862
非ポリマー7467
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-31.7 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.190, 122.700, 81.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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CORTICOSTEROID-BINDING ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN / CBG / SERPIN A6 / TRANSCORTIN


分子量: 37502.410 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-371 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T HCBG K126A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P08185
#2: タンパク質・ペプチド CORTICOSTEROID-BINDING GLOBULIN / CBG / SERPIN A6 / TRANSCORTIN


分子量: 4083.906 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 373-405 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-2T HCBG K126A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P08185

-
非ポリマー , 4種, 118分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#5: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
解説: DIFFRACTION PATTERN IMPROVED AFTER A 2 SEC AND A 4 SEC CRYSTAL ANNEALING STEP.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 2 % PEG 400, 2 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→35 Å / Num. obs: 16184 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.48→2.63 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VDY

2vdy


解像度: 2.48→34.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 16.864 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23393 1619 10 %RANDOM
Rwork0.17718 ---
obs0.18293 14563 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→34.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 49 111 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9624038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4515364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73524.615130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03915501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.521511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.482→2.546 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 113 -
Rwork0.241 1012 -
obs--95.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0192-1.2361-1.93632.17881.79384.86670.09630.0640.1965-0.08980.03390.0233-0.28440.0152-0.13020.1807-0.0184-0.0280.00880.00970.1421-23.5906-7.021216.7746
28.6176-6.1992-4.399611.601-1.09999.7747-0.1520.72170.36670.11460.13860.7347-0.1366-0.63430.01340.13290.0064-0.03290.24310.08110.3176-36.9011-9.325619.5468
35.05960.19923.1512.9384-1.301110.7705-0.30090.2835-0.1587-0.2890.08250.20150.1301-0.3550.21840.2119-0.0160.02590.1299-0.00280.3142-28.3402-22.2423.5491
45.8136-3.9883-0.593710.353-3.64046.7386-0.1274-0.3469-0.07820.4820.21280.44050.3359-0.1103-0.08540.2093-0.04940.02420.09190.03770.1539-32.9094-16.615533.0761
55.2353-0.22241.11237.81043.296718.3245-0.0926-0.4246-0.19620.2094-0.2496-0.33270.25251.10790.34220.20060.0364-0.05050.15040.07610.228-15.5005-24.514230.4905
61.2613-0.3107-0.84211.21320.9163.33290.0424-0.03520.00260.04020.1034-0.33440.15720.381-0.14570.12980.0373-0.04510.05440.00420.2569-11.223-24.16945.7397
70.77030.11080.27534.74660.03831.91160.03010.0380.0093-0.3824-0.0255-0.0141-0.11270.0555-0.00460.1493-0.00390.01080.0042-0.01130.1417-17.7618-14.3031-4.7917
80.6291-0.0439-0.19412.89452.8245.4189-0.0006-0.14120.24140.10080.2212-0.1015-0.3060.4603-0.22060.1712-0.0181-0.04250.0829-0.02160.2413-19.2398-6.125929.0287
91.213-0.3282-0.92192.18161.82424.66380.05890.03180.0585-0.0359-0.0522-0.02470.1181-0.0956-0.00670.13280.0057-0.01110.00290.00720.1784-17.0902-18.7868.1671
109.77270.8975-4.46294.44882.04535.70280.1111-0.482-0.04540.12270.0196-0.59530.12470.8992-0.13070.25060.0252-0.08390.21520.02380.2309-11.1083-17.39987.3494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4A115 - 136
5X-RAY DIFFRACTION5A137 - 168
6X-RAY DIFFRACTION6A169 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7A215 - 282
8X-RAY DIFFRACTION8A283 - 322
9X-RAY DIFFRACTION9A323 - 349
10X-RAY DIFFRACTION9B - A351 - 373
11X-RAY DIFFRACTION10B374 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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