PDB-4ba6: High Resolution structure of the C-terminal family 65 Carbohydrat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ba6

タイトル

High Resolution structure of the C-terminal family 65 Carbohydrate Binding Module (CBM65B) of endoglucanase Cel5A from Eubacterium cellulosolvens

要素

Endoglucanase cel5A

キーワード

CARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / PLANT CELL WALL DEGRADATION / BETA-JELLY ROLL

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Eubacterium cellulosolvens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Venditto, I. / Luis, A.S. / Basle, A. / Temple, M. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J. / Najmudin, S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: Understanding how noncatalytic carbohydrate binding modules can display specificity for xyloglucan.
著者: Luis, A.S. / Venditto, I. / Temple, M.J. / Rogowski, A. / Basle, A. / Xue, J. / Knox, J.P. / Prates, J.A. / Ferreira, L.M. / Fontes, C.M. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J.

履歴

登録	2012年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月27日	Group: Database references
改定 1.3	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.4	2018年12月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2019年5月8日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ba6.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ba6.ent.gz	56.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ba6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ba6_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ba6_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	4ba6_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	4ba6_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ypjC 4aekC 4aemC 4afdC 4afmSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mor-d 7aa0-1 6bth-2 2cbs-d 7jz5-1 2qfd-1 2fs6-2 1bm5-d 1ebt-d 7aa0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase cel5A

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.570, 83.570, 36.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Endoglucanase cel5A 分子量: 15973.568 Da / 分子数: 1 断片: C-TERMINAL FAMILY 65 CARBOHYDRATE BINDING MODULE (CBM65B), RESIDUES 581-713 由来タイプ: 組換発現詳細: METHIONINE 620 (MET A620) HAS BEEN OXIDISED TO METHIONINE SULPHOXIDE (SME 620) 由来: (組換発現) Eubacterium cellulosolvens (バクテリア) 遺伝子: cel5A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: Q3LHN3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	METHIONINE SULFOXIDE (SME): METHIONINE SULFOXIDE GLYCEROL (GOL): FROM THE CRYOPROTECTANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 292 K / pH: 7 / 詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 292 K, pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→36.75 Å / Num. obs: 27755 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AFM

4afm

解像度: 1.42→72.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED. RESIDUES 578-581, MASS AND 710-721 GSEDLEHHHHHH ARE DISORDERED. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19728	1402	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16982	-	-	-
obs	0.17121	26328	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0.54 Å²	0 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→72.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	6	166	1173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.02	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.495	1.951	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.463	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.966	25.962	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.207	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	0.81	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.206	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.021	864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.421→1.458 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	108	-
R_work	0.354	1835	-
obs	-	-	99.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.0525	-3.6221	5.7468	1.6607	-0.3168	8.203	-0.1646	0.0572	0.4613	-0.0278	-0.0228	-0.1404	-0.2922	0.1897	0.1875	0.0501	0.0245	-0.0021	0.1439	-0.0484	0.1211	26.078	40.4205	5.0707
2	1.761	1.6507	-0.8748	7.6158	-3.1396	9.7336	0.0321	0.0466	0.1227	-0.1025	-0.005	-0.2096	-0.1622	-0.0057	-0.0271	0.0424	0.0284	0.0202	0.0597	-0.0113	0.0509	33.0664	29.7591	11.7121
3	0.0812	0.0218	-0.41	0.39	1.7173	10.8821	-0.0034	0.0076	-0.0432	0.01	0.0178	-0.0627	0.1922	-0.0498	-0.0145	0.0823	0.0274	0.0038	0.0777	-0.0076	0.0298	31.1142	23.5316	26.8545
4	13.3462	4.8171	0.1673	10.1976	0.8805	5.0569	0.157	-0.6356	-0.4171	0.1546	0.2956	-1.0615	-0.0126	0.7123	-0.4526	0.0909	0.0513	0.006	0.1888	-0.0723	0.1413	33.0829	29.4798	39.1638
5	2.1996	0.2675	-3.7226	5.512	5.8047	22.6481	0.195	-0.3902	-0.3926	0.3063	0.294	-0.3598	0.7265	0.504	-0.489	0.1287	-0.0264	-0.0972	0.173	0.0993	0.1698	35.28	29.6181	30.9525
6	10.0235	6.2847	-4.4074	4.6469	-3.1092	2.1091	-0.1511	0.257	-0.1232	0.0085	0.1692	0.0804	0.0216	-0.1009	-0.0181	0.0499	0.0254	0.0128	0.1086	0.0009	0.045	39.9267	33.1159	20.3546
7	1.9556	0.7012	0.8701	10.2965	2.6006	5.1179	0.0255	0.2089	0.1323	-0.1134	-0.1097	0.6038	-0.0206	-0.2347	0.0843	0.0404	0.002	0	0.128	-0.0019	0.0618	45.6614	35.6772	16.7007
8	13.8824	-5.0899	-1.8235	21.3425	6.0087	9.7918	0.0946	0.6107	0.1995	-0.4402	0.0649	-0.1532	-0.1464	0.3118	-0.1595	0.0532	-0.0027	-0.0065	0.1582	0.0265	0.0116	37.0144	42.5057	10.444
9	0.0507	-0.4079	0.3774	5.2027	-0.9223	5.9697	-0.0009	0.0108	0.0112	-0.1339	-0.0267	0.0779	-0.2093	-0.0127	0.0276	0.0353	0.0327	-0.0121	0.0726	0.0363	0.096	29.3022	42.3309	13.35
10	1.2207	0.8526	0.314	2.3074	0.2854	2.2007	0.0059	0.025	-0.0137	-0.0788	0.0197	0.0425	0.1395	-0.2496	-0.0255	0.0541	0.0341	0.0026	0.0968	0.0025	0.074	24.6306	30.5845	22.6872
11	9.1342	2.6325	2.2593	2.6463	1.6347	2.296	-0.1122	-0.0627	0.2657	-0.0478	0.0327	-0.0233	-0.1263	0.1369	0.0795	0.0588	0.0168	-0.0183	0.0723	0.0073	0.06	37.3058	41.5972	24.3505
12	10.2906	-5.3932	0.0934	9.463	4.6622	7.1671	-0.0784	-0.8326	1.2885	-0.1752	0.382	-0.4082	-0.3491	0.5992	-0.3036	0.0512	-0.0369	-0.0159	0.2027	-0.1751	0.2574	43.9279	45.4435	29.0303
13	6.7238	0.5978	1.5489	0.3801	-0.198	1.1331	0.1042	-0.3627	0.1555	0.1041	-0.0645	0.008	-0.0416	-0.0758	-0.0397	0.0663	0.0279	-0.0116	0.0814	-0.0129	0.0237	30.5161	40.7233	27.7566
14	2.1169	0.2813	0.1422	7.7184	-1.0185	2.5189	-0.0533	0.1086	-0.0458	-0.1963	-0.0604	0.1539	0.0021	-0.2639	0.1138	0.0287	0.0303	-0.0073	0.095	-0.0042	0.0355	19.3834	35.8361	18.5072
15	3.1232	1.422	0.9834	3.5029	0.1271	5.0184	-0.0953	-0.071	0.3388	0.0621	-0.047	0.0309	-0.4469	0.0144	0.1423	0.0721	0.0352	-0.015	0.0466	-0.0021	0.0857	28.6304	46.0331	20.5982
16	5.4236	-6.5292	-4.2626	12.9244	-0.4431	9.5132	0.3393	0.3124	0.5303	-0.375	-0.2823	-0.8871	-0.3167	-0.3047	-0.057	0.1204	-0.0282	-0.1021	0.0408	0.0883	0.2384	37.2469	49.5167	20.4307
17	8.0197	3.8611	-0.574	4.2742	0.048	1.4131	-0.0585	0.1457	0.2324	0.0263	0.0655	-0.0193	-0.1696	0.1035	-0.007	0.062	0.0095	-0.0109	0.0776	0.009	0.0547	40.0366	39.1538	22.5174
18	5.0272	1.9847	0.047	4.1863	1.354	2.4906	0.0989	-0.1631	-0.1528	0.25	-0.1214	0.0379	0.0363	-0.0579	0.0224	0.0535	0.0457	0	0.0891	-0.003	0.0615	27.204	28.9865	32.6769
19	1.022	0.9473	-0.1022	2.678	-2.4426	6.617	0.0353	0.0212	-0.022	0.0252	0.0919	0.0785	0.0173	-0.278	-0.1271	0.0627	0.0352	0.0084	0.0806	-0.0036	0.0714	27.6486	27.1356	20.2884
20	18.4268	-6.6362	0.9522	3.0547	-3.1524	11.9849	0.1753	1.7365	-0.2154	0.387	-0.8705	-0.0496	-1.9193	1.2683	0.6952	0.3863	-0.1649	-0.2542	0.282	0.0225	0.3202	29.4327	44.0205	7.596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	582 - 587
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	588 - 592
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	593 - 599
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	600 - 605
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	606 - 610
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	611 - 615
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	616 - 620
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	621 - 626
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	627 - 630
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	631 - 640
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	641 - 645
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	646 - 650
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	651 - 656
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	657 - 665
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	666 - 674
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	675 - 680
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	681 - 688
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	689 - 694
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	695 - 704
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	705 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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