PDB-4b9f: High resolution structure for family 3a carbohydrate binding modu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b9f

タイトル

High resolution structure for family 3a carbohydrate binding module from the cipA scaffolding of clostridium thermocellum

要素

CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / CELLULOSOME

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM ATCC 27405 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Yaniv, O. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High Resolution Structure of the Family 3A Carbohydrate-Binding Module from the Mafor Scaffoldin Subunit Cipa of Clostridium Thermocellum
著者: Yaniv, O. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Frolow, F.

履歴

登録	2012年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b9f.cif.gz	144.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b9f.ent.gz	112.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4b9f_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4b9f_full_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示
XML形式データ	4b9f_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	4b9f_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nbcS 1anu 1aoh 1ohz 2b59 2ccl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1uov-d 5xof-3 1ej8-d 3m1h-1 4a6o-2 5ccj-3 2zez-1 6xx1-2 5lmj-3 5hm1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A

B: CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.939, 58.868, 87.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2031- HOH

#1: タンパク質	CELLULOSOMAL-SCAFFOLDING PROTEIN A / CELLULOSE-INTEGRATING PROTEIN A / CELLULOSOMAL GLYCOPROTEIN S1/SL / COHESIN 分子量: 16873.316 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 368-519 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM ATCC 27405 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q06851
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 1.85 M AMMONIUM SULFATE, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 91467 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.19→1.21 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NBC

1nbc

解像度: 1.19→40.165 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 16.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1592	8837	5 %
R_work	0.1513	-	-
obs	0.1517	91330	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 0.9992 Å² / k_sol: 0.9659 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8804 Å²	0.0379 Å²	-0.2746 Å²
2-	-	-0.3092 Å²	-0.1191 Å²
3-	-	-	-0.0741 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→40.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2386	0	22	428	2836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	3506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.004	882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1903-1.2039	0.2923	300	0.2879	5285	X-RAY DIFFRACTION	96
1.2039-1.218	0.3047	296	0.2883	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.218-1.2329	0.3016	310	0.2763	5513	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2329-1.2485	0.2807	282	0.269	5600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2485-1.2649	0.2818	298	0.2675	5515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2649-1.2822	0.2539	321	0.2634	5571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2822-1.3006	0.274	323	0.2462	5500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3006-1.32	0.2402	299	0.2373	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.3406	0.233	310	0.2253	5530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3406-1.3626	0.2218	319	0.2087	5519	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3626-1.3861	0.1983	255	0.2048	5620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3861-1.4113	0.2074	283	0.1934	5570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4113-1.4384	0.1901	269	0.1849	5601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4384-1.4678	0.1772	290	0.1742	5569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4678-1.4997	0.2025	304	0.1662	5492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4997-1.5346	0.1473	314	0.1424	5576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5346-1.573	0.14	292	0.134	5558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.573-1.6155	0.1374	282	0.1276	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6155-1.6631	0.127	284	0.119	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6631-1.7167	0.1506	255	0.1191	5610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7167-1.7781	0.1189	305	0.1156	5558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7781-1.8493	0.1133	263	0.1158	5555	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8493-1.9334	0.128	276	0.1167	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9334-2.0354	0.1162	292	0.1134	5629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0354-2.1629	0.1317	325	0.1155	5506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.3299	0.121	295	0.1258	5542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3299-2.5643	0.1648	290	0.1389	5573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5643-2.9353	0.1623	304	0.1456	5553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9353-3.6977	0.1432	267	0.138	5604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6977-40.1878	0.1393	334	0.1446	5489	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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