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- PDB-4b8a: Structure of yeast NOT1 MIF4G domain co-crystallized with CAF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8a
タイトルStructure of yeast NOT1 MIF4G domain co-crystallized with CAF1
要素
  • GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
  • POLY(A) RIBONUCLEASE POP2
キーワードTRANSCRIPTION/HYDROLASE / TRANSCRIPTION-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pseudohyphal growth / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / : / mating projection tip / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pseudohyphal growth / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / : / mating projection tip / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / 3'-5'-RNA exonuclease activity / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / regulation of cell cycle / regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat ...CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General negative regulator of transcription subunit 1 / Poly(A) ribonuclease POP2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Basquin, J. / Conti, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Architecture of the Nuclease Module of the Yeast Ccr4-not Complex: The not1-Caf1-Ccr4 Interaction.
著者: Basquin, J. / Roudko, V.V. / Rode, M. / Basquin, C. / Seraphin, B. / Conti, E.
履歴
登録2012年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Atomic model
改定 1.22016年4月20日Group: Atomic model / Other
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1
B: POLY(A) RIBONUCLEASE POP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6812
ポリマ－61,6812
非ポリマー00
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.850, 76.560, 109.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 39 / NOT1


分子量: 28527.402 Da / 分子数: 1 / 断片: MIF4G, RESIDUES 755-1000 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS STAR / 参照: UniProt: P25655
#2: タンパク質 POLY(A) RIBONUCLEASE POP2 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1


分子量: 33153.352 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 151-433 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE S288C (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS STAR / 参照: UniProt: P39008, poly(A)-specific ribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 8% (W/V) PEG 8000, 0.2 M NA MALONATE, 50 MM TRIS PH 8.0 AND 0.1% LOW MELTING AGAROSE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.7 Å / Num. obs: 27615 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UOC

1uoc


解像度: 2.4→60.14 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 2292 5 %
Rwork0.19 --
obs0.1923 27615 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.622 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1943 Å20 Å20 Å2
2---7.6185 Å20 Å2
3---11.8128 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3878 0 0 149 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0525388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8991431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.29022300.2134347X-RAY DIFFRACTION100
2.4858-2.58530.25322280.20384347X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.7030.29542260.20384300X-RAY DIFFRACTION100
2.703-2.84550.27362300.21234380X-RAY DIFFRACTION100
2.8455-3.02380.23742260.19414321X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.25720.22152300.18764382X-RAY DIFFRACTION100
3.2572-3.5850.22052370.17474334X-RAY DIFFRACTION100
3.585-4.10360.21832310.17164332X-RAY DIFFRACTION100
4.1036-5.16970.2082240.16124355X-RAY DIFFRACTION100
5.1697-60.15840.23242300.20294337X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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