[日本語] English
万見
- PDB-1uoc: X-ray structure of the RNase domain of the yeast Pop2 protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uoc
タイトルX-ray structure of the RNase domain of the yeast Pop2 protein
要素POP2
キーワードHYDROLASE / DEDD NUCLEASE / MRNA DEGRADATION / POLY(A) TAIL / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR / PHOSPHORYLATION.
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / mating projection tip / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / 3'-5'-RNA exonuclease activity ...poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / mating projection tip / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / 3'-5'-RNA exonuclease activity / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Poly(A) ribonuclease POP2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thore, S. / Mauxion, F. / Seraphin, B. / Suck, D.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2003
タイトル: X-Ray Structure and Activity of the Yeast Pop2 Protein: A Nuclease Subunit of the Mrna Deadenylase Complex
著者: Thore, S. / Mauxion, F. / Seraphin, B. / Suck, D.
履歴
登録2003年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: POP2
B: POP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0326
ポリマ－66,6892
非ポリマー3434
水81145
1
A: POP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5163
ポリマ－33,3451
非ポリマー1712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: POP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5163
ポリマ－33,3451
非ポリマー1712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.582, 79.440, 101.324
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.15744, -0.98751, -0.00592), (0.98753, -0.15744, -0.00114), (0.00019, -0.00602, 0.99998)
ベクター: 72.15511, -55.78834, 25.1445)

-
要素

#1: タンパク質 POP2 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1


分子量: 33344.594 Da / 分子数: 2 / 断片: RNASE D DOMAIN, RESIDUES 147-433 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2 RESIDUES ADDED IN N-TERMINAL BECAUSE OF A TEV CLEAVABLE TAG.
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P39008
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細UBIQUITOUS TRANSCRIPTION FACTOR. PART OF A GLUCOSE- SENSING SYSTEM INVOLVED IN GROWTH CONTROL.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化pH: 7.2
詳細: 2.5% PEG 3350,100MM HEPES(PH7.0) 80MM CALCIUM ACETATE,16.5% GLYCEROL, pH 7.20
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.5 %PEG3350MW1reservoir
2100 mMHEPES1reservoirpH7.0
380 mMcalcium acetate1reservoir
416.5 %glycerol1reservoir
520 mMTris-Cl1droppH7.5
6200 mM1dropNaCl
79 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.84
検出器日付: 2003年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 52320 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 76.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE/RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→9.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1438159.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 2589 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 51486 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.16 Å2 / ksol: 0.479404 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.68 Å20 Å20 Å2
2---6.62 Å20 Å2
3---1.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→9.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4214 0 4 45 4263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 208 5.4 %
Rwork0.327 3675 -
obs--71.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る