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- PDB-4b88: Ancestral (GNCA) Beta-lactamase class A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b88
タイトルAncestral (GNCA) Beta-lactamase class A
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases.
著者: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1434
ポリマ－28,0051
非ポリマー1383
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.833, 94.833, 95.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 28004.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED. / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESURRECTED PROTEIN. ALA 26 ALA 27 NOT PRESENT IN COORDS RESIDUE NUMBERING IS BASED ON R.P.AMBLER ...RESURRECTED PROTEIN. ALA 26 ALA 27 NOT PRESENT IN COORDS RESIDUE NUMBERING IS BASED ON R.P.AMBLER ET AL. (BIOCHEM. J., V. 276, P. 269, 1991).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化手法: counter-diffusion / pH: 4
詳細: COUNTER-DIFFUSION METHOD. 5.0 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC RIGAKU, MULTILAYER MONOCHROMATOR CMF12-38CU6
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→19.43 Å / Num. obs: 26457 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 19.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QPN

2qpn


解像度: 2.05→18.659 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: GAPS IN THE COORDINATE FILE ARE FOLLOWING NUMBERING CONVENTION.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1656 1342 5.1 %
Rwork0.1266 --
obs0.1285 26441 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.742 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2646 Å20 Å20 Å2
2---0.2646 Å20 Å2
3---0.5291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→18.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 9 164 2117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3542875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.048795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.12320.20671450.17212481X-RAY DIFFRACTION100
2.1232-2.20810.22481200.15072524X-RAY DIFFRACTION100
2.2081-2.30840.18571280.13492504X-RAY DIFFRACTION100
2.3084-2.42990.16271430.12462495X-RAY DIFFRACTION100
2.4299-2.58180.16011300.11832512X-RAY DIFFRACTION100
2.5818-2.78050.19691400.12992478X-RAY DIFFRACTION100
2.7805-3.05920.18951240.13542535X-RAY DIFFRACTION100
3.0592-3.49940.1621250.12652499X-RAY DIFFRACTION100
3.4994-4.39930.12311430.09682527X-RAY DIFFRACTION100
4.3993-18.660.15561440.13052544X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14790.0527-0.08410.1263-0.08090.16580.0525-0.02540.0749-0.1366-0.02730.1429-0.0769-0.0750.02230.14450.0178-0.03070.113-0.03360.161688.134825.8171-25.4377
20.0373-0.0036-0.06090.06380.02930.0941-0.0369-0.0390.01830.02770.0573-0.14370.03340.0898-00.10140.0107-0.0070.1126-0.01450.1365112.16728.1074-18.5956
30.0612-0.0010.03110.0589-0.01860.1035-0.0487-0.1927-0.01140.2010.1088-0.03280.06140.00190.00480.19110.03-0.05080.1645-0.02880.0976109.844811.3664-6.1606
40.1503-0.2546-0.11430.39570.18020.27890.002-0.0026-0.0093-0.03910.0151-0.124-0.0094-0.0124-00.1084-0.00730.00440.1014-0.01730.1127106.130417.0351-22.5014
50.0202-0.064-0.06060.10510.13560.32380.0179-0.05490.01380.073-0.07210.14710.023-0.064-0.00120.1094-0.01080.01310.0998-0.04310.124388.897317.2632-16.655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 28:68)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 69:98)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 99:131)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 132:212)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 213:290)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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